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language-conditioned-psycho…/Progression.md
T
JinotechandClaude Opus 5 ab175ce253 build(stage1): populate the derived columns of the adjudication table
Fills reviewer_1_decision, reviewer_2_decision and conflict_reason for all 84
rows (252 cells) so adjudicators can work from one sheet. Every adjudicator
field stays blank: identity, date, final_*, notes and attestation are human
attestation and the script neither writes them nor overwrites existing values.

conflict_reason follows the validator's actual rule (decisions differ, or
reviewer_1 is not a plain approve) and states only the mechanical reason plus
both decisions - no interpretation. 63 rows differ, 21 agree but are not plain
approve, so all 84 require adjudication.

Adds a purpose-built script rather than fixing at the usual build source:
build_human_review_packets.py overwrites both signed reviewer CSVs with blank
templates at lines 39-40, so running it would destroy 84 rows of signed human
review. It was not run. The new script re-hashes both signed packets before and
after and exits FATAL if either changed.

Co-Authored-By: Claude Opus 5 <noreply@anthropic.com>
2026-09-21 00:15:47 +12:00

115 KiB
Raw Blame History

项目进度档案

版本:1.25 建立日期:2026-09-20
当前总状态:in_progress
当前阶段:阶段 1 in_progress;题库、回答字典、919,863 行回答长表及三调查设计字段/方法均已核验;Gate 1 仅剩主要结局的两名实际人工审核者签署

1. 管理规则

本档案严格对照 Document/research-workflow.md 维护。每次项目研究行动前必须完整读取工作流与本档案;行动完成后必须更新本档案。项目级强制规则同时记录于 AGENTS.md

状态只使用:not_started / in_progress / passed / conditional / blocked / failed

行动记录至少包含:

  • 时间与阶段
  • 动作及目的
  • 输入及其版本或哈希(适用时)
  • 输出文件
  • 检查和证据
  • 未解决问题
  • 下一步

“已读取”“已设计”“已有报告称”与“已经重新验证”必须明确区分。未经本项目当前执行重新核验的结果不得升级为已验证证据。

2. 阶段状态

阶段 名称 状态 当前判定
0 冻结研究问题、范围与版本 passed 四项交付物齐备,Gate 0 已通过;研究工具链补强与锁定完成
1 有来源证据的题库和回答层 in_progress 七项机器交付物齐备,来源/编码/总体/缺失与设计层已形成;尚缺工作流强制要求的两名实际审核者签署
2 可行性、可识别性和连接审计 not_started 等待 Gate 1
3 冻结验证协议与已知真值模拟 not_started 等待 Gate 2
4 直接协调和传统基线 not_started 等待 Gate 3
5 低成本语义增益实验 not_started 等待 Gate 4
6 语言条件化层级测量模型 not_started 等待 Gate 5
7 最终验证、消融和主张判定 not_started 等待 Gate 6
8 可复现交付与论文审查 not_started 等待阶段 7 的冻结结果

3. 当前冻结方向

  • 项目暂定名称:language-conditioned psychometric harmonization model。
  • 首要任务是阶段 0–2 的可行性和可识别性审计,不直接训练完整复杂模型。
  • GSHS 为跨国开发候选;YRBS 为问卷与时间迁移候选;NSDUH 青少年模块为外部候选。最终角色由审计决定。
  • 测量层暂分为自杀意念、计划、尝试、自伤、悲伤/绝望;解释变量不与结局题目无依据地混成单一量表。
  • 核心验证必须覆盖未见题目家族、未见问卷版本、未见国家/地区和时间外验证;随机个体划分不能作为核心证据。
  • 工作流允许阴性结果;“完成流程”不等于模型优于基线或达到发表标准。

4. 阶段 0 交付物状态

交付物 状态 路径/说明
project_charter.md passed 已完成 research/protocol/project_charter.md,冻结阶段 0–2 的研究问题、总体政策、构念边界、迁移任务、范围外事项与待验证清单
data_manifest.csv passed 已完成 research/audit/data_manifest.csv,共 734 个文件;来源登记、项目角色、唯一候选入口、分析就绪与许可/分发状态已补充,并另有来源组与重复摘要
literature_matrix.csv passed 已完成 research/protocol/literature_matrix.csv;13 条核验来源(11 条同行评审、2 条预印本),另有可读工作簿与定位综合
environment_audit.md passed 已完成并更新 research/audit/environment_audit.md;Python、R、复杂抽样、心理测量与 CUDA 工具链均已运行验收并锁定

Gate 0 当前判定:passed。四项交付物齐备;目标总体政策、主要迁移任务、数据来源、范围边界和待验证列表均已明确。许可及数据版本问题已登记为后续显式验证项,不再是未记录的未知状态。

5. 已确认的本地事实

  • 正确工作流路径为 E:\Model\Document\research-workflow.md;用户所称 /Documents 在本项目中对应单数目录 Document,文件名使用连字符。
  • Dataset 当前包含 734 个文件,总大小约 20.47 GB。
  • 已建立工作流建议的 research/ 目录结构。
  • 已对 734 个数据文件计算 SHA-256,并生成逐文件清单;清单包含重复文件分组字段。
  • 数据清单已由单纯哈希表升级为来源登记:17 个数据组均有 authority、project role、canonical analysis entry、readiness 和 license/distribution 状态;117 个重复哈希组涉及 283 个文件、166 个额外副本,潜在冗余约 0.054 GiB。当前不删除任何副本。
  • GSHS 现有说明记录主表 673,499 行、637 列、165 项调查、191 个非重叠组件;这些数字目前属于既有质量报告陈述,尚未由本轮执行重算。
  • YRBS 原始库覆盖 19912023;现有整理包说明 19912019 已生成分析表,2021/2023 仍处于导入布局验证隔离状态。
  • 系统 Python 3.13.7、Pandoc 3.11、31.82 GiB RAM 和 NVIDIA GeForce RTX 5060 Ti 16 GB 已核验;正式项目环境使用 CPython 3.12.14、PyMC 6.3.2、R 4.6.1、mirt/lavaan/survey 栈及 CUDA Toolkit 13.4.2,三套运行验收均通过。
  • 当前根目录已建立 Git 仓库,main 跟踪 origin/main;远端为 Jinovo/language-conditioned-psychometric-harmonization-model,每项推进按强制协议独立提交并推送。

6. 文献初筛结论(尚待矩阵固化)

  • 已存在使用 Sentence-BERT/嵌入进行心理问卷条目匹配和相关结构预测的工作。
  • 已存在用 BERT 嵌入预测 IRT 题目参数、减少试测成本的工作。
  • 已存在把题目语义与心理问卷回答预测结合的 proof-of-concept。
  • 多组 IRT alignment、跨国 DIF、非相同题集/回答格式的测量协调及复杂抽样下的 Bayesian pseudo-posterior 均有直接相关文献。
  • 因而项目贡献不能仅表述为“首次使用 LLM 做心理测量”。候选贡献应聚焦在:官方多调查题库、跨国/跨工具连接、语义条件化的题目参数与 DIF、不确定性传播、严格外层迁移验证及复杂抽样一致性;该定位仍需系统核验。

7. 未解决问题与风险

优先级 问题 影响 下一处理
P0 84 个主要结局实例尚未由两名实际审核者逐项签署,部分总体、实际施测语言和跳题细节仍为 provisional Gate 1 与确认性分析不能通过 使用已导出的双审队列独立复核;AI 生成内容不得填入审核者栏
P0 题目共现、锚定图与可识别性尚未重算 不能确定 IRT/层级模型是否成立 完成阶段 1 后进入阶段 2 审计
P1 数据来源许可及可分发范围尚未逐来源完成最终复核 影响复现包与衍生数据交付 已在清单中显式标为 review required;阶段 1 按实际纳入来源逐项确认,不默认允许再分发
P1 R、PyMC/ArviZ、心理测量包与 CUDA Toolkit 曾缺失 已解决:项目 Python/R 环境和 CUDA 端到端验收通过 后续仅按锁定文件维护;任何升级必须重跑三套烟雾测试
P1 文献初筛尚未形成可审计矩阵 研究定位和“贡献”表述仍不稳定 建立 literature matrix,记录 DOI、来源、证据层级和项目关系
P0 NSDUH 的 YSUI03/YUSUICTRY 已确认施测,但尝试及严重度字段不在当前本地公开使用数据中;2024 指南明确记录派生尝试变量因披露风险排除 当前微数据只能外部验证意念/计划,不能验证尝试 不从其他题推导尝试;如核心设计必须使用尝试,评估受限数据申请或预先设计的聚合结果方案
P1 Solomon Islands 2023 已有 WHO 官方目录的逐题来源与总体资料,但未取得国家问卷文件/实际施测语言证据 不影响该组件的题文/编码来源,但限制语言字段批准 保持语言 provisional;在语言 DIF 分析前取得施测语言证据或排除相应主张

8. 行动日志

A-20260920-001:读取工作流并确定执行入口

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:0
  • 动作:定位并完整读取研究工作流,核对项目定位文件与模型说明。
  • 输入:Document/research-workflow.mdDocument/项目的正式定位.mdDocument/language-conditioned-psychometric-harmonization-model.md
  • 输出:确定从阶段 0 开始,不直接进入模型训练。
  • 检查:工作流明确第一批需完成阶段 0–2;默认 academic-pipeline 的“已有数据→写作”路由不适用于本项目。
  • 未解决问题:阶段 0 四项交付物尚未完成。
  • 下一步:盘点数据与环境,建立阶段 0 文件。

A-20260920-002:本地数据与说明文件初步盘点

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:0
  • 动作:读取 GSHS、YRBS、NSDUH/YRBS 整理包、WHO 国家背景数据及整理说明;统计文件数量和总容量。
  • 输入:各数据目录 README、变量注意事项和既有质量报告。
  • 输出:确认 734 个文件、约 20.47 GB;识别不同数据源的分析就绪状态差异。
  • 检查:未把 README/质量报告中的数字冒充本轮重算结果。
  • 未解决问题:许可、官方文本、2021/2023 YRBS 布局及设计变量仍需验证。
  • 下一步:生成全量哈希清单。

A-20260920-003:生成数据文件哈希清单

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:0
  • 动作:对 Dataset 下全部 734 个文件计算 SHA-256、记录大小、修改时间、扩展名并标注重复哈希组。
  • 输入:Dataset/** 原始及衍生文件;未修改原文件。
  • 输出:research/audit/data_manifest.csv734 行)。
  • 检查:清单已生成且可读取;重复哈希分组已写入。重复组的汇总统计仍需在正式审计报告中重新计算并说明口径。
  • 未解决问题:需补充 dataset group、来源、许可和分析就绪字段。
  • 下一步:扩充清单元数据并抽样复核哈希。

A-20260920-004:最接近方法文献第一轮初筛

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:0
  • 动作:检索 NLP 问卷协调、文本预测 IRT 参数、多组测量不变性/DIF 和复杂抽样 Bayesian 推断相关工作。
  • 输入:同行评审论文页面、PubMed/PMC、ACL Anthology 及预印本页面。
  • 输出:形成第 6 节的初步定位结论。
  • 检查:明确区分同行评审论文与预印本;未把搜索摘要直接当作完整证据综合。
  • 未解决问题:尚需逐条核验作者、年份、DOI、研究设计、限制和与本项目的差异。
  • 下一步:建立 literature_matrix.csv

A-20260920-005:建立持续进度档案和项目记忆规则

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:0
  • 动作:按用户要求创建本档案,并在 AGENTS.md 固化每次行动前后读取/更新规则。
  • 输入:Document/research-workflow.md、当前项目状态及已生成产物。
  • 输出:Progression.mdAGENTS.md
  • 检查:阶段状态、交付物、风险、已执行动作和下一步已与工作流对齐。
  • 未解决问题:无。
  • 下一步:重新读取工作流与本档案后,继续完成阶段 0 四项交付物。

A-20260920-006:完成运行环境审计

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:0
  • 动作:核验操作系统、CPU、RAM、磁盘、GPU/CUDA、核心工具和 Python 科学计算/心理测量/Bayesian 包。
  • 输入:本机只读系统接口、Python distribution metadata、nvidia-smi、PyTorch CUDA 最小检查;工作流 SHA-256 为 394a191359298132fc2a56304dbc49b5934f47af22d2e0fff47d28a0d9edcaeb
  • 输出:research/audit/environment_audit.md.learnings/ERRORS.md 新增两条已解决的审计方法错误。
  • 检查:确认 31.82 GiB RAM、E 盘可用 256.17 GiB、RTX 5060 Ti 16 GB,且 PyTorch CUDA 可用;直接从 distribution metadata 核验包版本。
  • 未解决问题:R/Rscript、PyMC/PyTensor/ArviZ、SEM/IRT/复杂抽样栈缺失;具体嵌入模型权重和许可未冻结。
  • 后续状态:上述软件缺口已在 A-20260920-010 至 A-20260920-035 中解决;嵌入模型权重与许可仍留待阶段 5 前冻结。
  • 下一步:补齐数据清单的来源、许可和分析就绪字段,并生成重复文件摘要。

A-20260920-007:完成数据来源登记与重复摘要

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:0
  • 动作:为 734 个文件补充数据组、权威来源、项目角色、候选分析入口、分析就绪状态及许可/分发状态;按 SHA-256 汇总重复文件。
  • 输入:research/audit/data_manifest.csv 原始哈希清单;GSHS、YRBS、NSDUH/YRBS 整理包与 WHO 国家背景数据的本地来源说明。
  • 输出:更新后的 research/audit/data_manifest.csv;新增 data_source_registry.csvdataset_group_summary.csvduplicate_summary.csv
  • 检查:734 行全部匹配来源登记,未匹配数为 0;117 个重复组包含 283 个文件与 166 个额外副本,潜在冗余约 0.054 GiB。更新后 manifest SHA-256 为 0427a19c3287a2691edbd9a4486917989fe369fcb0f729a01477ce27cd8f98f2
  • 未解决问题:许可状态是审计路由,不是法律授权;GSHS、NSDUH、YRBS 及外部候选在实际纳入和分发前仍须核对现行来源条款。重复文件因 provenance 和脚本引用暂不删除。
  • 下一步:完成 research/protocol/project_charter.md,冻结 Gate 0 的总体、构念、迁移任务、范围外事项和待验证清单。

A-20260920-008:冻结阶段 0 项目章程

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:0
  • 动作:把项目定位转化为可证伪的主要研究问题,并冻结阶段 0–2 的目标总体政策、构念角色、数据角色、六类迁移任务、估计目标、识别原则、范围外事项、伦理与停止条件。
  • 输入:项目工作流、两份定位文件、数据来源登记和环境审计;输入 SHA-256 已写入章程。
  • 输出:research/protocol/project_charter.md v0.1.0。
  • 检查:未预设所有题目可做 IRT,未预设语义模型成功,未把学校样本外推到全部青少年;改善阈值和非劣界限留待阶段 2–3 依据审计与模拟冻结。
  • 未解决问题:共同年龄支持域、实际构念模型、主要指标数值、许可细节和正式软件环境仍按章程待验证。
  • 下一步:完成并逐条核验 research/protocol/literature_matrix.csv,明确最接近工作与项目贡献边界。

A-20260920-009:完成聚焦文献矩阵与 Gate 0 验收

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:0
  • 动作:核验预统计协调、NLP 问卷匹配、文本预测 IRT 参数、多组 alignment/DIF 和复杂抽样 Bayesian 推断的最近方法;建立逐条证据矩阵并执行 Gate 0 检查。
  • 输入:期刊/出版物原页、PubMed/PMC、ACL Anthology 和 arXivDeep Research 来源核验规则;Spreadsheets 结构与可视化验证规则。
  • 输出:research/protocol/literature_matrix.csvliterature_matrix.xlsxliterature_positioning.md
  • 检查:13 个唯一来源 ID、必填字段缺失 0、HTTPS 来源 13/13;11 条同行评审、2 条预印本;工作簿公式错误扫描为 0,预览无明显截断或结构错误。CSV SHA-256 为 9a43d729dbb4bf3819f71f1f373513962e4a6dc064927fc428f8f11b4e4a2a7a
  • 最终核对:阶段 0 四项交付物与 Progression.md 均存在且非空;项目章程 SHA-256 为 adb85eea055415050b2091d8f2e5b3d7fd63c019a233430a4a55a344cbef6d0d
  • 结论:NLP 问卷匹配和 text-to-IRT 已有直接先例;候选贡献必须建立在官方多调查题库、严格外层迁移、语义条件化 DIF/题目参数、不确定性传播及复杂抽样一致性的组合上。该结论是聚焦定位,不是完整首创证明。
  • 未解决问题:正式论文前需扩大检索和引文追踪;许可、题目来源、共同年龄域、锚定图和模型可识别性留待阶段 1–2。
  • 下一步:在用户确认后进入阶段 1,先建立调查/组件、题目实例、回答字典、设计和来源审核的空模式及数据入口审计。

A-20260920-010:核对研究环境兼容性并盘点安装入口

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:0(环境补强)
  • 动作:按用户授权启动研究环境补齐;重新读取工作流与进度档案,核对 NVIDIA、PyMC、R 与 PyTorch 官方安装信息,并盘点本机包管理器、Python 解释器和现有环境。
  • 输入:NVIDIA CUDA Toolkit 官方下载/归档页、PyMC 官方安装文档、R for Windows 官方页面、PyTorch 官方安装页;本机只读命令检查。
  • 输出:确定采用“系统工具 + 项目独立 Python 环境 + 项目 R 包库”的分层方案;CUDA Toolkit 目标为当前稳定版 13.4.2,PyMC 采用官方推荐的 pymc[nutpie]NumPyro 作为可选后端。
  • 安装布局确认:本机 uv 支持通过 --install-dir--no-registry 与项目内缓存把 Python 3.12 完整落在 E:\Model,并可用指定解释器创建隔离虚拟环境,无需改写系统默认 Python。
  • 检查:本机仅发现 Python 3.13winget.exe 入口存在但当前执行返回“系统无法访问此文件”;R/Rscript、nvcc、conda/mamba 未发现;uv 可用;项目根目录不是 Git 仓库。
  • 未解决问题:需改用可访问的官方安装器或修复后的包管理入口安装 R 与 CUDA ToolkitPython 独立环境尚未创建。
  • 下一步:通过官方安装源部署 Python 研究环境,并分别部署/验收 R、CUDA Toolkit;每批完成后立即回写本档案和环境审计。

A-20260920-011:安装项目内 Python 3.12 解释器

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:0(环境补强)
  • 动作:重新读取工作流与进度档案后,使用 uv 将 CPython 下载到项目内,不注册系统解释器、不替换系统 Python。
  • 输入:官方可分发 CPython 3.12 构建;目标目录 E:\Model\.python,缓存目录 E:\Model\.uv-cache
  • 输出:已安装 E:\Model\.python\cpython-3.12.14-windows-x86_64-none\python.exe
  • 检查:下载与解释器安装成功;虚拟环境尚未建立。
  • 异常:首次创建虚拟环境时预写了 3.12.11 路径,但实际解析并安装的是 3.12.14,因此该子步骤失败;已定位真实解释器路径并写入错误日志。
  • 下一步:以实际解释器路径创建 .venv-research,安装并验证研究包。

A-20260920-012:冻结 Python 研究栈安装清单

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:0(环境补强)
  • 动作:重新读取工作流与进度档案,建立环境归档目录,并按工作流需要拆分数据/统计、Bayesian、心理测量、可视化和 NLP/GPU 依赖。
  • 输入:阶段 0 环境审计、PyMC 与 PyTorch 官方安装建议、SEM/心理测量技能依赖要求。
  • 输出:research/environment/python-requirements.in
  • 检查:清单包含此前审计缺失的 polarsduckdbstatsmodelspymcpytensor(由 PyMC 解析)、arviz(由 PyMC 解析)、semopyfactor-analyzerpingouingirth、JAX/NumPyro 后端,以及项目后续 NLP/GPU 基线工具。
  • 未解决问题:尚待依赖解析、安装和导入/数值烟雾测试;精确版本将在安装后导出锁定。
  • 下一步:创建 .venv-research 并安装清单,先验收统计/Bayesian/心理测量,再验收 GPU/NLP。

A-20260920-013:创建 Python 3.12 研究环境并安装依赖

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:0(环境补强)
  • 动作:重新读取工作流与进度档案,以项目内 CPython 3.12.14 创建 .venv-research,解析并安装冻结输入清单。
  • 输入:research/environment/python-requirements.in;PyPI 与包发布者提供的 Windows wheels/sdists。
  • 输出:.venv-research;共安装 195 个包,包括 PyMC 6.3.2、PyTensor 3.3.2、ArviZ 1.3.0、NumPyro 0.22.0、semopy 2.3.11、factor-analyzer 0.5.1、pingouin 0.6.1、girth 0.8.0、PyTorch 2.14.0、polars 1.44.2、duckdb 1.5.5、statsmodels 0.15.0。
  • 检查:依赖解析与安装命令返回成功;semopyfactor-analyzer 本地 wheel 构建成功。
  • 未解决问题:安装成功不等于运行有效;需检查依赖一致性、PyMC 最小采样、SEM 拟合、IRT 导入、JAX 后端与 PyTorch GPU。特别需要核验 Torch/TorchVision/TorchAudio 的运行时兼容性。
  • 下一步:运行分层烟雾测试,修复任何兼容错误后再导出精确锁定文件。

A-20260920-014:建立可重复的 Python 环境烟雾测试

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:0(环境补强)
  • 动作:重新读取工作流与进度档案,建立单一测试入口,覆盖核心模块导入、PyMC 最小采样、semopy CFA、factor-analyzer 与 PyTorch CUDA 矩阵运算。
  • 输入:.venv-research 当前安装状态。
  • 输出:research/environment/smoke_test.py
  • 检查:测试固定随机种子并以结构化 JSON 报告版本、通过/失败状态和异常回溯;任一必需项失败时返回非零状态。
  • 未解决问题:测试尚未执行。
  • 下一步:先运行依赖一致性检查,再执行烟雾测试并按实际失败修复。

A-20260920-015:执行首轮 Python 环境烟雾测试

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:0(环境补强)
  • 动作:重新读取工作流与进度档案;运行 pip check 和结构化烟雾测试,并归档原始输出。
  • 输入:.venv-researchresearch/environment/smoke_test.py
  • 输出:research/environment/smoke-test-result.json(首轮失败记录;包含前置警告,修复后将重写为纯 JSON)。
  • 检查:pip check 返回无断裂依赖;数据栈、PyMC/PyTensor/ArviZ/JAX/NumPyro、semopy、factor-analyzer、pingouin、girth、Torch/NLP 包均可导入(TabPFN 除外);semopy CFA 数值拟合通过。
  • 失败事实:PyMC/nutpie 因默认 PyTensor 缓存写入受限用户目录而失败;TabPFN 因 skrub_data 默认目录权限失败;factor-analyzer 0.5.1 调用已从 scikit-learn 1.9 移除的 force_all_finite 参数;PyTorch 为 2.14.0+cpuCUDA 不可用;Matplotlib 用户缓存不可写。
  • 结论:当前环境尚未通过验收,不能标记为可用于正式分析。
  • 下一步:把所有运行缓存重定向到项目内;为 factor-analyzer 固定兼容的 scikit-learn;从 PyTorch 官方 CUDA 索引重装版本一致的 Torch 三件套,然后重跑完整测试。

A-20260920-016:修订 Python 运行策略与依赖约束

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:0(环境补强)
  • 动作:重新读取工作流与进度档案,定位 Skrub 的正式缓存环境变量并修订依赖输入与烟雾测试。
  • 输入:首轮烟雾测试回溯、已安装包源码中的缓存配置、PyTorch 官方 CUDA wheel 说明。
  • 输出:更新 python-requirements.in(固定 scikit-learn 1.6.1 和匹配的 Torch 三件套);更新 smoke_test.py;新增 activate-research.ps1
  • 检查:PyTensor、Numba、Matplotlib、Skrub、Hugging Face 与 Torch 缓存均统一重定向至 E:\Model\.cache;测试脚本改为直接写纯 JSON,避免标准错误警告污染结果文件。
  • 未解决问题:尚需实际降级 scikit-learn、从官方 CUDA 索引重装 Torch 三件套并复测。
  • 下一步:执行版本修复与 GPU wheel 重装。

A-20260920-017:修复 factor-analyzer 兼容性并核对 CUDA wheel 版本

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:0(环境补强)
  • 动作:重新读取工作流与进度档案,将 scikit-learn 从 1.9.1 固定为 1.6.1;尝试从 PyTorch CUDA 13.0 官方索引重装 Torch 三件套,并在解析失败后直接核对官方 wheel 索引。
  • 输入:python-requirements.in、PyTorch 官方 cu130 的 torch/torchvision/torchaudio 索引。
  • 输出:scikit-learn 1.6.1 已安装;确认 Python 3.12/Windows 的 torch 2.14.0+cu130torchvision 0.29.0+cu130 存在。
  • 异常与决定:官方 cu130 索引没有同代 torchaudio 2.14.0,最高列出的相关版本滞后;本项目不处理音频,故移除非必要 torchaudio,避免制造运行时不一致。
  • 检查:失败发生在依赖解析阶段,原 Torch 安装未被改写;requirements 与烟雾测试已同步移除 torchaudio。
  • 下一步:只从官方 cu130 索引重装匹配的 torch 与 torchvision,卸载旧 torchaudio,并重跑验收。

A-20260920-018:安装匹配的 PyTorch CUDA 运行栈

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:0(环境补强)
  • 动作:重新读取工作流与进度档案,卸载不匹配且非必要的 torchaudio,从 PyTorch 官方 CUDA 13.0 索引重装 Torch 2.14.0 与 TorchVision 0.29.0。
  • 输入:PyTorch 官方 cu130 wheel 索引;Python 3.12/Windows x86_64。
  • 输出:torch 2.14.0+cu130torchvision 0.29.0+cu130torchaudio 已移除。
  • 检查:官方 CUDA wheel 下载约 1.9 GB;替换过程成功完成,没有改动其余研究包的版本约束。
  • 未解决问题:尚需以 torch.cuda.is_available()、GPU 名称和实际矩阵运算验收;完整烟雾测试还需确认缓存修复和 factor-analyzer 修复。
  • 下一步:运行第二轮完整 Python 烟雾测试与依赖检查。

A-20260920-019Python 研究环境通过第二轮运行验收

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:0(环境补强)
  • 动作:重新读取工作流与进度档案;运行第二轮 pip check 与完整烟雾测试。
  • 输入:修复后的 .venv-research、项目内缓存策略和 smoke_test.py
  • 输出:纯 JSON 结果 research/environment/smoke-test-result.json
  • 检查:依赖检查无断裂;所有 25 个目标模块导入通过;PyMC 6.3.2 使用 nutpie 完成 1 链 50 tune + 50 draws 的最小采样;semopy CFA 与 factor-analyzer 拟合通过;TabPFN 9.0.0 导入通过;Torch 2.14.0+cu130 在 NVIDIA GeForce RTX 5060 Ti 上完成有限值矩阵乘法,torch.cuda.is_available() 为真。
  • 限制:烟雾测试的 50 draws 只用于验证运行能力,不构成统计诊断;g++ not available 是可选编译器探测提示,nutpie 实际采样已成功;factor-analyzer 使用 scikit-learn 1.6 的弃用兼容层,故必须保持版本锁定。
  • 结论:Python 统计/Bayesian/心理测量/GPU 环境通过当前阶段运行验收。
  • 下一步:导出精确 Python 锁定清单;安装并验收 R/CRAN 栈与 CUDA Toolkit/nvcc。

A-20260920-020:安装并验证项目内 R 4.6.1

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:0(环境补强)
  • 动作:重新读取工作流与进度档案,从 CRAN 官方站点下载 R 4.6.1 Windows x64 安装器,并静默安装到项目工具目录。
  • 输入:https://cran.r-project.org/bin/windows/base/R-4.6.1-win.exe
  • 输出:E:\Model\.tools\R-4.6.1;安装器 SHA-256 为 C5424C40CD70EF85765A55D2FF96BB602B5F30ED536938FF004F14DB5DB3C2DF
  • 检查:Rscript (R) version 4.6.1 (2026-06-24)、UCRT、x64;基础启动成功。
  • 异常:静默安装器首次返回时立即调用 Rscript 命中短暂落盘竞态,随后只读检查确认安装完整并复测通过;另发现当前 shell 的 C.UTF-8 locale 设置在 Windows R 中产生警告,需在项目启动脚本中清理/修正。
  • 未解决问题:CRAN 研究包尚未安装;项目 R 库与运行测试尚未建立。
  • 下一步:创建项目专属 R library,安装 survey/srvyr、mirt、lavaan/semTools/psych、数据处理与复现包并执行烟雾测试。

A-20260920-021:冻结 R 包清单与运行验收协议

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:0(环境补强)
  • 动作:重新读取工作流与进度档案,识别 Windows R locale 覆盖来源,建立项目 R 包安装脚本和数值烟雾测试。
  • 输入:工作流对复杂抽样、IRT/SEM、数据处理和复现性的要求;当前 shell 的 LANG/LC_ALL/LC_CTYPE=C.UTF-8
  • 输出:install-r-packages.Rr-smoke-test.R;更新 activate-research.ps1,加入 R_HOME、R_LIBS_USER、PATH 与 Windows locale 清理。
  • 检查:包契约包括 survey/srvyr、mirt、lavaan/semTools/psych、Arrow/Haven/tidyverse 核心、renv/targets;测试覆盖加权均值、lavaan CFA、mirt 2PL 与 Parquet 往返。
  • 可复现性修订:两个 R 脚本均从 Rscript--file= 参数解析自身路径,不依赖当前工作目录或交互式调用栈。
  • 未解决问题:CRAN 包尚未实际安装和运行。
  • 下一步:安装项目 R library,导出版本并运行完整烟雾测试。

A-20260920-022:安装并核对项目 R 研究包

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:0(环境补强)
  • 动作:重新读取工作流与进度档案,从 CRAN 官方镜像安装项目 R 包及必需依赖到 .r-library/4.6
  • 输入:install-r-packages.RCRAN Windows 4.6 二进制仓库。
  • 输出:项目 R libraryresearch/environment/r-package-versions.json
  • 检查:19 个顶层包全部安装并经 packageVersion() 核对,包括 survey 4.5、srvyr 1.3.1、mirt 1.47、lavaan 0.7-2、semTools 0.5-9、psych 2.6.5、arrow 25.0.1、renv 1.2.4、targets 1.12.0;安装命令返回成功。
  • 未解决问题:包存在性已验证,但加权估计、CFA、2PL 和 Parquet 读写尚待运行测试。
  • 下一步:执行 r-smoke-test.R 并根据实际运行结果修复。

A-20260920-023:执行首轮 R 运行验收并发现判定漏洞

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:0(环境补强)
  • 动作:重新读取工作流与进度档案,运行 R 包导入、复杂抽样加权均值、lavaan CFA、mirt 2PL 和 Arrow/Parquet 往返测试。
  • 输入:项目 R 4.6.1 与 .r-library/4.6
  • 输出:research/environment/r-smoke-test-result.json(首轮结果,保留审计痕迹,下一轮将覆盖为最终结果)。
  • 检查:19/19 顶层包导入通过;survey 加权均值、lavaan CFA 和 Arrow 往返通过;无 locale 警告。
  • 失败事实:mirt 在独立随机 Bernoulli 数据上 500 次 EM 后未收敛;更重要的是,测试脚本仅记录 converged=false 却仍把该项标为 passed,属于验收逻辑错误。
  • 修复:改用已知一维 2PL 生成机制模拟 500×8 响应矩阵;把未收敛显式提升为测试失败;最大 EM 周期设为 1000。
  • 结论:R 环境尚不能在修复后复测前标记为最终通过。
  • 下一步:重跑 R 烟雾测试,必须同时满足过程成功和 mirt@OptimInfo$converged=true

A-20260920-024R 研究环境通过第二轮运行验收

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:0(环境补强)
  • 动作:重新读取工作流与进度档案,执行修复后的完整 R 烟雾测试。
  • 输入:R 4.6.1、项目 library、已知一维 2PL 模拟数据生成器。
  • 输出:最终 research/environment/r-smoke-test-result.json
  • 检查:19/19 顶层包导入通过;survey 加权均值为有限值;lavaan CFA 明确收敛;mirt 2PL 在 500 名模拟受访者、8 个题目上明确收敛;Arrow Parquet 写入后读回 3×2 数据;命令返回成功且无 locale 警告。
  • 结论:R 复杂抽样、IRT/SEM 和列式数据交换环境通过当前阶段运行验收。
  • 下一步:安装 CUDA Toolkit/nvcc;随后导出 Python/R 锁定清单并更新环境审计。

A-20260920-025:解析并冻结 CUDA Toolkit 官方安装源

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:0(环境补强)
  • 动作:重新读取工作流与进度档案,从 NVIDIA 官方动态下载页解析 Windows x86_64 的 CUDA 13.4.2 安装器 URL、大小和校验和,并核对 Windows 安装指南。
  • 输入:NVIDIA CUDA Toolkit 13.4.2 下载页与 Microsoft Windows 安装指南。
  • 输出:网络安装器 cuda_13.4.2_windows_x86_64_network.exe;官方 URL 固定为 https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/13.4.2/network_installers/cuda_13.4.2_windows_x86_64_network.exe;大小 10,460,392 bytesMD5 a0810494c821437671d6e68e66f59daf
  • 检查:官方文档确认 CUDA 13.1 起 Windows Toolkit 不再捆绑 GPU 驱动,故安装 Toolkit 不应替换现有驱动。
  • 未解决问题:安装器尚未下载/校验/执行;nvcc 尚未验收。
  • 下一步:下载并核对 MD5,静默安装 Toolkit,验证 nvcc 版本、目录和 PyTorch GPU 回归。

A-20260920-026:安装 CUDA Toolkit 13.4.2

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:0(环境补强)
  • 动作:重新读取工作流与进度档案,下载 NVIDIA CUDA 13.4.2 Windows x86_64 网络安装器,校验后执行完整静默安装;安装期间通过进程 CPU 和组件展开目录做只读健康检查。
  • 输入:A-20260920-025 冻结的 NVIDIA 官方安装器。
  • 输出:系统级 CUDA Toolkit 13.4.2;安装器保存在 .downloads/cuda_13.4.2_windows_x86_64_network.exe
  • 检查:下载文件 MD5 与官方值 a0810494c821437671d6e68e66f59daf 完全一致;安装器最终退出码为 0;期间观察到 cudart、cuSPARSE、cuSOLVER、NPP 等 13.4 组件展开,未启动第二安装实例。
  • 未解决问题:需独立验证最终 nvcc、环境变量和 PyTorch GPU 回归;Windows C++ host compiler 状态尚未检查。
  • 下一步:执行 Toolkit 与 GPU 回归验收,并判断是否需要补充 MSVC Build Tools。

A-20260920-027:完成 CUDA Toolkit 基础与 GPU 回归验收

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:0(环境补强)
  • 动作:重新读取工作流与进度档案,独立核验 Toolkit 目录、nvcc、NVIDIA 驱动、PyTorch GPU 运算和 Windows C++ host compiler。
  • 输入:系统级 CUDA 13.4.2、现有 NVIDIA 驱动、项目 Python GPU 环境。
  • 输出:CUDA 根目录 C:\Program Files\NVIDIA GPU Computing Toolkit\CUDA\v13.4
  • 检查:nvcc 报告 release 13.4 / V13.4.92GPU 为 NVIDIA GeForce RTX 5060 Ti、驱动 596.36、显存 16,311 MiBPyTorch 2.14.0+cu130 使用 CUDA runtime 13.0 完成 GPU 矩阵运算且结果有限;Visual Studio 2022 Community C++ 工具链已发现,无需另装 Build Tools。
  • 未解决问题:尚需用 nvcc 和 MSVC 编译并运行最小 CUDA 程序,完成端到端 Toolkit 验收。
  • 验收准备:新增 research/environment/cuda-smoke.cu,以单线程 kernel 将 41 增为 42;项目启动脚本已加入 CUDA_PATH 与 Toolkit bin
  • 下一步:编译/运行 CUDA smoke test;随后锁定环境与更新审计。

A-20260920-028:确认 GPU 架构并修正 CUDA 编译调用

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:0(环境补强)
  • 动作:重新读取工作流与进度档案,查询 GPU compute capability,并首次尝试以 Visual Studio 开发环境调用 nvcc。
  • 输入:cuda-smoke.cu、Visual Studio 2022 Community、CUDA 13.4 nvcc。
  • 输出:确认 RTX 5060 Ti compute capability 为 (12, 0),编译目标应为 sm_120
  • 异常:嵌套 cmd.exe 命令对带空格的 VsDevCmd.bat 路径引号处理失败,编译器未实际启动,未生成或执行二进制。
  • 修复方案:先从 VsDevCmd.bat && set 捕获开发环境变量并导入当前 PowerShell 进程,再直接调用 nvcc,避免多层命令字符串。
  • 下一步:按修复方案重新编译并运行 smoke test。

A-20260920-029:精确核验 MSVC 并统一 CUDA 构建 shell

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:0(环境补强)
  • 动作:重新读取工作流与进度档案;第二次编译已到达 nvcc,但导入 PowerShell 的 VS 环境未让 nvcc 找到 cl.exe;随后用 vswhere 精确核验 C++ 组件与编译器文件。
  • 输入:Visual Studio Installer vswhere.exe、CUDA smoke 源码。
  • 输出:确认 MSVC cl.exe 位于 VC/Tools/MSVC/14.44.35207/bin/Hostx64/x64/cl.exe;新增 cuda-smoke-build.cmd
  • 异常:跨进程导入 VsDevCmd 环境未满足 nvcc 的 host compiler 查找,报 Cannot find compiler 'cl.exe' in PATH
  • 修复:让 vcvars64.bat、nvcc 和测试程序在同一个 cmd 进程内顺序运行,避免跨 shell 环境复制。
  • 下一步:运行统一构建脚本并验收结果 42。

A-20260920-030CUDA Toolkit 端到端验收通过

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:0(环境补强)
  • 动作:重新读取工作流与进度档案,在同一 cmd 环境中加载 MSVC、以 nvcc -arch=sm_120 编译最小 CUDA kernel,并在 GPU 上运行。
  • 输入:cuda-smoke.cucuda-smoke-build.cmd、MSVC 14.44、CUDA 13.4.92、RTX 5060 Ti。
  • 输出:research/environment/cuda-smoke.exe(可重建测试产物)。
  • 检查:编译和链接成功,运行输出 cuda_smoke_result=42,进程退出码 0;证明 nvcc、MSVC host compiler、CUDA runtime 与 GPU 的完整链路可用。
  • 警告处理:MSVC 在中文代码页下对 NVIDIA 头文件产生 C4819 编码警告,不影响构建或运行;构建脚本已加 /wd4819 仅屏蔽该第三方头文件警告。
  • 结论:CUDA Toolkit 13.4.2 通过当前阶段验收。
  • 下一步:导出 Python/R 精确依赖清单、环境哈希和使用说明,更新 environment_audit.md 与本档案的风险状态。

A-20260920-031:首次环境锁定失败并修正缓存路径

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:0(环境补强)
  • 动作:重新读取工作流与进度档案,尝试导出 Python freeze、renv.lock、R 全包表与 session info。
  • 输入:已通过验收的 Python/R 环境。
  • 失败事实:uv 默认缓存 C:\Users\Jino\AppData\Local\uv\cache 和 renv 默认缓存 C:\Users\Jino\AppData\Local/R/cache/R/renv 均不可写;锁文件未生成。
  • 修复:启动脚本新增 UV_CACHE_DIR=E:\Model\.uv-cacheRENV_PATHS_ROOT=E:\Model\.cache\renv;下一次锁定命令也将显式设置两者。
  • 下一步:重跑全部锁定导出,并只在四个目标文件均存在后计算哈希。

A-20260920-032:第二次锁定生成核心文件但全包表导出失败

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:0(环境补强)
  • 动作:重新读取工作流与进度档案,使用项目缓存重跑 Python freeze 和 renv snapshot。
  • 输出:已生成 python-requirements.lock.txtrenv.lockrenv 记录 R 4.6.1 和项目 CRAN 包。
  • 异常:R 全包表固定索引 Repository 列,但本机 installed.packages() 结果没有该列,触发 subscript out of bounds;同时 renv 只收到项目库路径,因而把 R 自带推荐包(MASS、Matrix、survey 依赖等)误报为缺失。
  • 修复方案:向 renv 同时传入项目 library 与 .Library,全包 CSV 仅选择实际存在的列;重新生成所有 R 锁定辅助文件并统一核验。
  • 结论:已有锁文件视为中间产物,尚未完成最终验收。
  • 下一步:按修复方案重跑 R snapshot/导出并计算全部哈希。

A-20260920-033:完成 Python/R 环境锁定与哈希核验

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:0(环境补强)
  • 动作:重新读取工作流与进度档案,以项目缓存和完整 R library 搜索路径重跑锁定导出;逐文件检查存在性并计算 SHA-256。
  • 输出:python-requirements.lock.txt195 包)、renv.lock119 包)、r-installed-packages.csv134 行)、r-session-info.txt,以及现有 Python/R 测试 JSON。
  • 检查:七个要求产物均存在且非空;哈希已取得,将写入正式环境审计。
  • 异常:一次 PowerShell 表格序列化只显示占位列,随后改用纯文本逐行输出,成功取得完整哈希;文件本身未受影响。
  • 下一步:更新环境审计、使用说明与进度风险状态。

A-20260920-034:正式环境审计替换补丁被工具拒绝

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:0(环境补强)
  • 动作:尝试在单一补丁中删除并重新新增 environment_audit.md,同时创建 README 和更新进度状态。
  • 结果:补丁工具拒绝同一文件的多重操作;未修改任何目标文件。
  • 修复方案:将审计文件替换拆成独立删除与新增步骤,再单独添加 README 和进度变更。
  • 下一步:按拆分方案完成文档收尾并复核。

A-20260920-035:完成环境补强文档收口与最终一致性复核

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:0(环境补强)
  • 动作:重新读取工作流与进度档案,更新正式环境审计与使用说明,复核锁文件、测试 JSON、依赖一致性和 CUDA 可重建性,并清理当前状态中的旧阻断措辞。
  • 输出:更新 research/audit/environment_audit.md;新增 research/environment/README.md;更新本档案至 v1.2。
  • 检查:8 个要求产物均存在且非空;Python 测试失败数 0,R 测试失败数 0,mirt converged=truepip check 无断裂依赖;CUDA 重新编译运行输出 42;环境审计记录七项 SHA-256。
  • 工具异常:README/进度联合补丁因补丁区块顺序与文件行序不一致而被整体拒绝一次;拆分并按行序重排后成功,未丢失内容。
  • 结论:用户要求的 R、CUDA Toolkit 与缺失 Python/R 研究包已安装、验证、锁定并归档。阶段 0 环境风险解除。
  • 未解决问题:具体嵌入模型权重和许可尚未冻结;这是阶段 5 前的研究治理任务,不是环境安装缺陷。
  • 下一步:进入阶段 1,建立有来源证据的题库与回答层。

A-20260920-036:最终交付完整性确认

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:0(环境补强)
  • 动作:按强制规则重新读取工作流与进度档案,逐项检查环境审计、使用说明、输入/锁定文件、Python/R 测试结果和 CUDA 构建脚本。
  • 检查:8 个核心交付文件全部存在且非空;进度版本为 1.2,当前阶段与下一行动表述一致;正式环境审计明确标记 passed 并记录 CPython 3.12.14、R 4.6.1、CUDA Toolkit 13.4.2 和 CUDA 结果 42。
  • 结论:本次工具补强请求完成,无待安装的工作流关键环境依赖。
  • 下一步:阶段 1 题库与回答层。

A-20260920-037:审计 Git 初始化条件

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:项目治理
  • 动作:按强制规则读取工作流、进度档案与 AGENTS.md,核对项目根目录、Git 用户身份和远程配置。
  • 输入:E:\Model 根目录、全局 Git 配置。
  • 检查:当前尚无 Git 仓库;全局提交身份已配置为 Jinotech <benlovedog@gmail.com>;未发现可用远程地址。
  • 决定:以 main 初始化本地仓库;排除 Dataset、解释器、虚拟环境、R library、安装器和缓存,纳入研究代码、协议、审计、锁文件与进度档案。
  • 推送状态:push_pending;原因是尚无远程 URL,不影响本地初始化和首个提交。
  • 下一步:建立 .gitignore,把逐行动提交/推送协议写入 AGENTS.md,初始化并审计暂存范围。

A-20260920-038:核对首个 Git 提交的目录规模

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:项目治理
  • 动作:重新读取工作流与进度档案,递归统计顶层目录文件数与容量。
  • 检查:Dataset 约 19.06 GiB.uv-cache 约 4.76 GiB.venv-research 约 4.39 GiB.r-library 约 0.23 GiB.tools 约 0.19 GiB.downloads 约 0.10 GiB,均不应进入 Git。LLM-based Agent构建 约 0.33 GiB,需检查其大文件后再决定细粒度忽略。
  • 推送状态:push_pending,远程仍未配置。
  • 下一步:检查 LLM-based Agent构建 最大文件,随后冻结 .gitignore

A-20260920-039:审计本地 LLM 文献归档的大文件

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:项目治理
  • 动作:重新读取工作流与进度档案,检查 LLM-based Agent构建 的最大文件。
  • 检查:该目录约 0.33 GiB,主要为 72 个本地 PDF 文献副本;单文件最大约 26.70 MiB。当前心理测量项目已有可审计的文献矩阵与来源链接,不需要把这批相邻主题 PDF 二进制纳入首个仓库。
  • 决定:将整个 LLM-based Agent构建/ 作为本地参考归档排除,避免无必要地膨胀远程历史;不删除原文件。
  • 推送状态:push_pending,远程仍未配置。
  • 下一步:创建 .gitignore 并更新 AGENTS.md 的 Git 提交/推送协议。

A-20260920-040:冻结版本化边界与逐行动 Git 协议

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:项目治理
  • 动作:重新读取工作流与进度档案,创建根目录 .gitignore,并在 Codex 实际识别的 AGENTS.md 中加入强制 Git 协议。
  • 输出:.gitignore;更新 AGENTS.md
  • 检查:规则要求每项推进在验证和更新进度后形成独立提交;已配置远程时立即 push;无远程或推送失败时必须记录 push_pending/push_failed,不得虚报。原始数据、环境、安装器、缓存、模型权重和可重建二进制明确排除。
  • 说明:用户口述的 AGENT.md 对应本项目已存在且被 Codex 识别的 AGENTS.md,故更新现有文件而不建立冲突的第二份规则文件。
  • 推送状态:push_pending,远程仍未配置。
  • 下一步:初始化 main 仓库,检查忽略结果与待提交文件大小,然后创建首个提交。

A-20260920-041:初始化 Git 仓库并遇到安全所有权检查

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:项目治理
  • 动作:重新读取工作流与进度档案,在 E:\Model 初始化 main 分支仓库并尝试读取状态/忽略规则。
  • 输出:E:\Model\.git,空仓库初始化成功。
  • 异常:Git 检测到目录所有者为 Windows Administrators、当前受控账户为 CodexSandboxOffline,因 dubious ownership 拒绝状态读取。
  • 修复方案:仅将精确项目路径 E:/Model 加入全局 safe.directory,不使用通配符或关闭全局安全检查。
  • 推送状态:push_pending,远程仍未配置。
  • 下一步:应用精确安全例外并重新审计忽略范围。

A-20260920-042:应用精确 Git 安全例外并验证忽略边界

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:项目治理
  • 动作:重新读取工作流与进度档案,将 E:/Model 精确加入全局 safe.directory,重新读取仓库状态并逐项检查忽略命中。
  • 检查:Git 状态可正常读取;候选顶层仅有 .gitignore.learnings/AGENTS.mdDocument/Progression.mdresearch/。Dataset、Python/R 环境、工具安装目录、下载、缓存、本地 PDF 归档及 CUDA 可执行文件均由预期规则排除。
  • 安全边界:未使用 safe.directory=*,只放行当前仓库绝对路径。
  • 推送状态:push_pending,远程仍未配置。
  • 下一步:审计候选文件数量、总容量和最大文件,确认后暂存首个提交。

A-20260920-043:发现并排除嵌套 node_modules

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:项目治理
  • 动作:重新读取工作流、进度档案和 Git 状态,统计未跟踪候选文件及最大文件。
  • 检查:初始候选为 7,832 个文件、约 320.92 MiB;最大文件均位于 research/experiments/node_modules,属于可重建工具依赖。
  • 修复:.gitignore 新增 **/node_modules/,保留实验目录中的源文件和配置但排除依赖树。
  • 附带警告:Git 无法读取用户级 C:\Users\Jino\.config\git\ignore,不影响项目级 ignore;不为此扩大文件系统权限。
  • 推送状态:push_pending,远程仍未配置。
  • 下一步:重新审计候选规模,确认后暂存。

A-20260920-044:确认首个提交候选集安全且轻量

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:项目治理
  • 动作:重新读取工作流、进度档案与 Git 状态,应用新 ignore 后重新统计全部候选路径。
  • 检查:候选集降至 36 个文件、约 1.25 MiB;最大单文件约 0.32 MiB。候选仅包含规则/进度、项目说明、研究协议与审计、环境脚本/锁文件/测试结果、文献矩阵及其生成脚本;没有原始数据、环境目录、node_modules、安装器、模型权重或可执行文件。
  • 推送状态:push_pending,远程仍未配置。
  • 下一步:暂存 36 个候选文件,检查 staged diff/stat 后创建首个提交。

A-20260920-045:首次暂存因 .git 写权限受限而失败

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:项目治理
  • 动作:重新读取工作流、进度档案与 Git 状态,尝试暂存全部已审计候选并查看 staged diff。
  • 结果:git add 无法创建 .git/index.lock,没有文件进入暂存区;工作树内容未变。
  • 修复方案:以用户已授权的仓库写操作权限重试;Git 命令显式设置 core.excludesFile=NUL,避免不可读用户级 ignore 警告,同时继续使用项目 .gitignore
  • 推送状态:push_pending,远程仍未配置。
  • 下一步:提升仅 Git 索引写入所需权限,重新暂存和核对。

A-20260920-046:无效 excludesFile 覆盖导致第二次暂存前退出

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:项目治理
  • 动作:在获准的 Git 索引写权限下重试暂存,并尝试用 core.excludesFile=NUL 消除不可读用户级 ignore 警告。
  • 结果:Git for Windows 报 cannot use NUL as an exclude file,在写索引前退出;暂存区仍为空。
  • 修复:移除非必要的 excludesFile 覆盖,接受不影响项目 .gitignore 的用户级警告,直接执行已授权的 git add -A
  • 推送状态:push_pending,远程仍未配置。
  • 下一步:无覆盖地暂存并核对 staged 范围。

A-20260920-047:暂存并核对首个仓库快照

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:项目治理
  • 动作:重新读取工作流、进度档案与 Git 状态,在获准的仓库元数据写权限下暂存全部已审计候选,并检查 staged stat 与逐文件状态。
  • 检查:36 个文件全部为新增;约 9,150 行;仅含两个小型二进制研究产物(10 KiB 工作簿、约 328 KiB 预览图);暂存清单与 A-20260920-044 的边界一致。
  • 警告:Git 提示部分 LF 文件未来可能按 Windows 配置转为 CRLF;当前内容与暂存均成功,不作为阻断。
  • 推送状态:push_pending,远程仍未配置。
  • 下一步:把本条记录重新暂存,创建首个提交并验证 HEAD/工作树/远程状态。

A-20260920-048:准备创建首个可复现仓库提交

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:项目治理
  • 动作:将以非交互式提交 chore(repo): initialize reproducible research workspace 固化工作流、项目记忆、阶段 0 产物、环境锁与 Git 治理规则。
  • 完成条件:提交命令成功、HEAD 可解析、提交后工作树无意外未提交文件。
  • 推送状态:push_pending;没有远程 URL,无法执行真实 git push,不得声称已推送。
  • 下一步:创建并验证提交;待用户提供远程 URL 后设置 origin 并推送 main

A-20260920-049:建立剩余工作量估算基线

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:项目治理
  • 动作:重新读取完整研究工作流与进度档案,依据 Gate 依赖、当前交付状态、人工来源核验需求和模型计算复杂度,估算阶段 1–8 的剩余工作量。
  • 当前基线:阶段 0 已通过;阶段 1–8 尚未开始。按一名全职研究者/工程代理、数据可读且不发生重大许可阻断计,剩余约 21–41 人周;受 Gate 串行依赖限制,较现实的日历时间约 6–10 个月。
  • 近期里程碑:完成 Gate 2 并得出“潜变量路线是否可识别”的可靠结论,约需 5–10 周;完成 Gate 5 的低成本语义增益判定,累计约需 12–23 周。
  • 计算量:预计另有约 2–8 GPU 周和若干 CPU/R/PyMC 批处理,可与资料审核和写作部分重叠;这不是额外相加的人周。
  • 不确定性:官方问卷/布局获取、两名实际审核者、抽样设计复核、题目连接不足、稀有事件以及 Bayesian 采样稳定性,均可能使工期超出上限;若 Gate 2 或 Gate 5 否定复杂路线,转为边界性结果可缩短后半程。
  • 推送状态:push_pending;本地仓库已有提交,但仍未配置远程 URL。
  • 下一步:启动阶段 1 schema 与三套调查入口的只读结构核验。

A-20260920-050:配置 origin 并验证首次推送

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:项目治理
  • 动作:按用户明确授权,将 https://git.jinome.org/Jinovo 配置为 origin,随后尝试把本地 main 的两个待推提交推送并设置上游。
  • 输入:用户提供的远端地址;本地提交 1e7cc2a26ec4ca
  • 输出:.git/config 中已存在 originfetch/push URL 均为用户提供的 HTTPS 地址。
  • 检查结果:服务器可连接,但返回 Not found;Git 报目标仓库不存在或当前凭据不可见。没有提交上传,本地历史未改变。
  • 推送状态:push_failed
  • 未解决问题:当前地址可能只是用户/组织路径而不是具体仓库 clone URL,也可能需要认证;必须取得完整仓库 URL 或有效访问凭据,不能擅自猜测仓库名。
  • 错误记录:.learnings/ERRORS.mdERR-20260920-024
  • 下一步:用户提供服务器显示的完整 clone URL(通常含具体仓库名,可能以 .git 结尾)后,更新 origin 并重新推送全部本地提交。

A-20260920-051:启动远端仓库创建并等待用户登录

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:项目治理
  • 动作:按用户授权打开 git.jinome.org,确认服务为 Gitea 1.27.3,并检查 Jinovo 账户当前仓库状态及创建入口。
  • 输入:用户主页 https://git.jinome.org/Jinovo;拟创建仓库名 language-conditioned-psychometric-harmonization-model
  • 检查结果:公开主页显示该账户目前没有可见仓库;当前浏览器会话未登录,访问创建功能前被引导至登录页。
  • 当前状态:blocked;认证密码必须由用户本人在已显示的 Gitea 登录页输入,自动化不会读取或代填密码。
  • 推送状态:push_failed;远端仓库尚未创建,现有 origin 仍指向不完整的账户路径。
  • 下一步:用户完成网页登录并回复“已登录”后,创建具体仓库、取得 clone URL、更新 origin、推送 main 并验证远端提交。

A-20260920-052:创建远端仓库并完成首次推送

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:项目治理
  • 动作:在用户完成 Gitea 登录后,创建公开仓库 Jinovo/language-conditioned-psychometric-harmonization-model;服务端不初始化 README、许可证或 .gitignore,以保护现有本地历史;更新本地 origin,并在用户授权 Git Credential Manager 后推送 main
  • 输出:仓库页面 https://git.jinome.org/Jinovo/language-conditioned-psychometric-harmonization-modelclone URL https://git.jinome.org/Jinovo/language-conditioned-psychometric-harmonization-model.git
  • 检查结果:仓库创建页面成功跳转到具体项目;完整 remote URL 已核对;四个既有本地提交成功上传;本地 main 已设置跟踪 origin/main,推送后两端 HEAD 均为 e162e64
  • 安全处理:未让服务端生成冲突历史;未读取、记录或写入任何密码/令牌;无响应的首次认证等待被安全终止,随后使用用户已授权的 Credential Manager 完成认证。
  • 推送状态:pushed
  • 错误状态:ERR-20260920-024ERR-20260920-025ERR-20260920-026 均已解决;一次无副作用的补丁上下文失败记为已解决的 ERR-20260920-027
  • 下一步:提交并推送本行动记录;随后按阶段 1 计划建立数据实体 schema,并只读核验 GSHS、YRBS、NSDUH 候选入口。

A-20260920-053:冻结阶段 1 数据契约并完成候选入口结构审计

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:1(有来源证据的题库和回答层)
  • 动作:完整读取工作流与进度档案;按来源验证边界建立阶段 1 机器可读数据契约;流式核验 GSHS 主表,并只读核验 YRBS/NSDUH Parquet 的行列、年度和设计字段覆盖。
  • 输入:GSHS GSHS.csvYRBS yrbs_1991_2019_selected.parquetNSDUH 20212024 full/selected Parquet;现有 README、变量注意事项与质量检查。
  • 输出:research/stage1/stage1_data_contract.jsonaudit_input_sources.pyinput_structure_audit.jsoninput_structure_audit.md
  • 检查:两份 JSON 均通过解析;GSHS 实测 673,499×637、191 个组件键;YRBS 实测 217,341×79NSDUH 实测 232,441 行、full 2,638 列、selected 151 列;所有预期入口字段存在。
  • 新证据:GSHS 三个设计候选字段各缺 20 行;YRBS 1997 有 1 行设计字段缺失,2017/2019 的 PSU/stratum 全缺且权重仅部分存在;NSDUH 四个权重列在全部年度均非空且为正,需要官方指南解释适用语义。
  • 质量边界:所有审核状态默认 provisional;本次未批准题目等价、构念、缺失重编码、锚题或复杂抽样方差方法;Gate 1 未通过。
  • 工程修复:内联聚合的 Python 语法失败和 pandas 内存耗尽分别记录为已解决的 ERR-20260920-028ERR-20260920-029;最终脚本使用标准 CSV 流式扫描。
  • 推送状态:pushed;提交 5c31417 已推送至 origin/main
  • 下一步:建立主要结局来源登记骨架;优先核验 GSHS/NSDUH 的意念、计划、尝试题与适用总体,并追查 YRBS 2017/2019 设计字段缺口。

A-20260920-054:建立主要结局来源登记骨架

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:1(有来源证据的题库和回答层)
  • 动作:完整读取工作流与进度档案;从 GSHS 数据字典、YRBS selected 字典、NSDUH complete 字典及 full/selected Parquet schema 中提取自杀意念、计划、尝试候选;严格分开原始青少年题、派生变量、成人模块、COVID 条件题与复合指标。
  • 输入:GSHS GSHS_数据字典.xlsxMaster_ColumnsYRBS yrbs_selected_variable_dictionary.csvNSDUH nsduh_complete_variable_dictionary.csv 及 20212024 full/selected Parquet schema。
  • 输出:research/stage1/build_primary_outcome_registry.pyprimary_outcome_registry.jsonprimary_outcome_registry.md;更新 .learnings/ERRORS.md 的已解决 ERR-20260920-030
  • 检查:脚本通过 py_compile;JSON 可解析;65 条原始候选全部为 provisional、审核者为空、连接状态为 not_evaluated;分布为 GSHS 6 条、YRBS 51 条、NSDUH 8 条;另隔离 8 条 NSDUH 青少年派生记录和 40 条成人/COVID/派生或复合排除记录;语义断言和 git diff --check 通过。
  • 新证据:GSHS 自杀尝试同时存在二分类与次数型版本,不能自动合并;YRBS 每个主要构念有 17 个年度候选,2021/2023 仍只保留元数据且数据隔离;NSDUH 本地完整字典只暴露青少年意念与计划,未找到青少年尝试变量,YSUI03YSUI05 仅在模块迁移说明中出现。
  • 质量边界:未直接核验年度 PDF/代码本页码;没有把 AI 检查登记为人类审核;没有批准任何构念等价、缺失重编码、题目家族或锚定关系。Gate 1 仍为 in_progress
  • 工程修复:一次只读工作簿筛选错误使用 column 而非 column_name,无数据改动;修正后成功并记录为已解决的 ERR-20260920-030
  • 提交状态:本地提交 fb30b60 已创建。
  • 推送状态:pushed;首次推送因缓存凭据被拒绝,随后仅清除 git.jinome.org 的失效条目并通过 Git Credential Manager 重新授权,提交 fb30b60 与审计提交 ca67e1f 已推送,ERR-20260920-031 已解决。
  • 下一步:直接核验 NSDUH 年度青少年问卷/代码本中的 YSUI03YSUI05 与公开数据字段关系,同时建立 GSHS 组件级题目版本来源映射。

A-20260920-055:核清 NSDUH 青少年自杀尝试题与公开数据可用性

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:1(有来源证据的题库和回答层)
  • 动作:行动前完整读取 Document/research-workflow.md、本进度档案并核对干净 Git 状态;以官方 20212023 restricted-use codebook、2024 questionnaire web specification、2024 methodology summary 和 public-use guide 核验 YSUI03YSUI05,同时检查本地 complete dictionary 与 full/selected Parquet schema。
  • 输入:SAMHSA 六项官方来源;本地 nsduh_complete_variable_dictionary.csvnsduh_2021_2024_full.parquetnsduh_2021_2024_selected.parquet
  • 输出:新增 verify_nsduh_youth_attempt.pynsduh_youth_attempt_source_audit.jsonnsduh_youth_attempt_source_audit.md;更新主要结局登记生成脚本及 v1.1 JSON/报告;更新 .learnings/ERRORS.md
  • 检查:两个脚本通过 py_compile;机器审计确认 YUSUICTRY、两种已见派生拼写、医疗关注与住院随访共 7 个字段在本地 complete/full/selected 三处全部不存在;主要结局登记现有 69 条候选,其中 NSDUH 每个构念各 4 个年度来源记录,尝试记录全部明确标为本地不可分析;所有记录仍为 provisional,语义断言与 git diff --check 通过。
  • 新证据:YSUI03/YUSUICTRY 是 12–17 岁过去 12 个月尝试题,计划与尝试对所有该年龄受访者施测,不以意念阳性为前提;YSUI04 仅在尝试为是时询问医疗关注,YSUI05 仅在医疗关注为是时询问过夜住院;2021 位于 youth mental health service utilization,自 2022 起移至 youth experiences2024 public-use guide 明确 YUSUITRYYR 因披露风险从文件排除。
  • 决策:撤销“可能未施测”的解释,改为“已施测但当前公开使用微数据不可用”。NSDUH 当前只可用于青少年意念和计划的个体层外部验证;尝试不能由意念、计划、COVID 条件题或随访题推导。
  • 质量边界:SAMHSA PDF 端点对网页读取、浏览器和直接下载均返回 HTTP 403;本次使用官方索引文本与可访问 HTML 交叉核验,未声称完成 PDF 页面视觉复核。两名实际审核者仍未签字,Gate 1 保持 in_progress
  • 工程记录:读取限制登记为已解决的 ERR-20260920-032;解决指已找到可审计替代证据路径,不表示 PDF 端点恢复。
  • 推送状态:pushed;研究增量提交 7d50ae6 已推送至 origin/main,本地与远端 HEAD 核对一致。
  • 下一步:建立 GSHS 191 个组件中的主要结局题目版本与来源映射,保持 _b_、无前缀、二分类和频数型版本分离。

A-20260920-056:完成 GSHS 191 组件主要结局与表示关系审计

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:1(有来源证据的题库和回答层)
  • 动作:行动前完整读取 Document/research-workflow.md、本进度档案并核对干净 Git 状态;流式扫描 GSHS 673,499 行;将 191 个已选组件与组件登记逐一核对;读取六个国家/地区的本地问卷、常规代码本和 Binary Codebook,并对 Ghana 关键 PDF 页做视觉复核。
  • 输入:GSHS.csv调查组件筛选明细.csv、GSHS 数据字典;Ghana、India、Jamaica、Mongolia、Morocco、Wallis and Futuna 的国家/地区问卷与代码本。
  • 输出:新增 audit_gshs_primary_outcome_components.pygshs_primary_outcome_component_audit.jsongshs_primary_outcome_component_audit.md;主要结局登记升级至 v1.2;更新 .learnings/ERRORS.md
  • 检查:脚本通过 py_compile;JSON 可解析;191 个组件与登记完全一致,673,499 行全部覆盖,组件行数不一致为 0;仅 7 个组件有主要结局值,184 个没有;六个有结局组件具备本地直接来源,Solomon Islands 2023 尚缺;三组原始/_b_ 关系均无异常组合。
  • 新证据:常规代码本中的 MH_CONSIDERSUIMH_PLANSUIMH_ATTEMPTSUI 是三项实际施测题;Binary Codebook 把 MH_B_* 定义为比例指标。逐行数据进一步确认意念和计划的 _b_ 与原始二元编码完全相同,尝试的 _b_ 精确按“0 次=否、1 次及以上=是”派生。因此 _b_ 不再作为独立施测题计数;登记候选由 69 条降为 66 条,另有 11 条派生/非独立记录。
  • 质量边界:六个组件的文件语言只证明可用来源语言,不自动证明每名受访者的实际施测语言;Solomon Islands 直接来源、确切年龄/年级总体、规范缺失原因和两名实际审核者仍未完成。所有记录保持 provisionalGate 1 仍为 in_progress
  • 工程记录:重复的 pandas 全表内存耗尽改为固定列索引的流式扫描,记为已解决 ERR-20260920-033;项目环境未安装可选文档解析器和错误目录假设分别记为已解决 ERR-20260920-034ERR-20260920-035,未把可选解析器无必要地加入正式建模环境。
  • 推送状态:pushed;研究增量提交 f0a4538 已推送至 origin/main
  • 下一步:直接复核 YRBS 年度主要结局问卷/代码本,继续隔离 2021/2023 数据,并形成三套调查的回答编码与缺失规则草案。

A-20260920-057:完成 YRBS 年度主要结局直接来源审计并纠正列映射

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:1(有来源证据的题库和回答层)
  • 动作:行动前完整读取工作流与进度档案并核对干净 Git 状态;逐年读取 1991–2023 共 17 份国家高中问卷和对应数据用户指南/代码本;分开登记“问卷印刷题号”与“发布数据变量号”;对 1991–2019 年度完整 Parquet 的正确列执行值域检查,并视觉复核 1995 与 2023 的代表性来源页。
  • 输入:documentation/Questionnaire 的 17 份官方问卷、documentation/UserGuide 的 17 份官方指南、15 个 19912019 年度 full Parquet、现有 yrbs_selected_variable_dictionary.csv
  • 输出:新增 audit_yrbs_primary_outcome_sources.pyyrbs_primary_outcome_source_audit.jsonyrbs_primary_outcome_source_audit.md;主要结局登记改用直接来源 crosswalk;更新 .learnings/ERRORS.md
  • 检查:51 条主要结局记录均有问卷和数据指南来源;15 个可用年度的正确列均存在,观测编码全部落在官方值域;2021/2023 保持隔离;脚本和 JSON 校验通过。
  • 新证据:现有登记在 1995、2001、2003、2005、2007、2009、2011 共 7 年把 21 条主要结局映射到错误数据列。原因是把印刷问卷题号、数据用户指南变量号或自动提取结果混用;例如 1995 正确列为 Q22/Q23/Q24,旧登记却为 Q30/Q31/Q32。正确列仍存在于年度完整数据,因此属于 crosswalk 缺陷而非原始数据丢失。登记现已改为用户指南变量,并单独保留印刷题号。
  • 质量边界:年度指南只把无值统一报告为 Missing,未区分拒答、合法跳题或数据错误;不能无依据细分。问卷为英语来源,不自动证明所有语言便利措施。两名实际审核者仍未签字,Gate 1 保持 in_progress
  • 工程记录:PDF 诊断文本首次受 Windows 控制台编码影响中止,改用 UTF-8 输出后完成,记为已解决 ERR-20260920-036;Poppler 字体警告未影响关键页视觉内容。
  • 推送状态:pushed;研究增量提交 a7ac525 已推送至 origin/main
  • 下一步:建立三套调查主要结局的正式回答字典与保守缺失规则,生成双人审核队列;并定位 Solomon Islands 2023 GSHS 直接来源。

A-20260920-058:补齐 Solomon Islands 2023 GSHS 官方条目来源

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:1(有来源证据的题库和回答层)
  • 动作:行动前完整读取工作流与进度档案并核对干净 Git 状态;检索 WHO NCD Microdata Repository 的 SLB_2023_GSHS_v01 研究页和三个逐题变量页;把官方目录证据纳入 GSHS 组件审计与主要结局登记。
  • 输入:WHO catalog 992 study metadata;变量 V39(意念)、V40(计划)、V41(尝试);本地 Solomon Islands 1,995 行组件。
  • 输出:GSHS 组件审计升级至 v1.1,主要结局登记升级至 v1.4;所有七个有主要结局的 GSHS 组件现均有直接条目来源。
  • 检查:官方目录的三项 literal question、1/2 或 1–5 回答类别、有效/无效例数与本地组件逐项一致:意念 1,890/105、计划 1,953/42、尝试 1,963/32;研究页明确总体为 13–17 岁在校青少年、Form 1–6,并描述两阶段整群抽样。脚本重跑后直接条目来源为 7/7、待来源为 0。
  • 质量边界:未在官方 related-materials 中取得 2023 国家问卷文件,实际施测语言仍不能由英语目录元数据推断;因此语言字段保持 provisional。这不再是题文、编码或总体来源缺口。
  • 推送状态:pushed;研究增量提交 e5e301e 已推送至 origin/main
  • 下一步:生成三套调查正式回答字典、保守缺失规则及双人审核队列;随后验证 YRBS 2021/2023 导入。

A-20260920-059:生成主要结局 Gate 1 结构化包与人工双审队列

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:1(有来源证据的题库和回答层)
  • 动作:行动前完整读取 Document/research-workflow.md、本进度档案并核对干净 Git 状态;以 GSHS 组件审计、YRBS 年度直接来源审计和 NSDUH 主要结局登记为输入,生成可重复构建的正式题目层、回答字典、构念本体、设计登记、候选连接、来源冲突表和人工双审队列。
  • 输出:新增 build_primary_outcome_package.pyitem_bank.csvresponse_dictionary.csvsurvey_design.csvconstruct_ontology.yamlitem_links.csvsource_conflicts.csvprimary_outcome_human_review_queue.csvprimary_outcome_package.md;更新 .learnings/ERRORS.md
  • 检查:脚本通过可重复构建及断言;84 个题目实例 ID 全部唯一(GSHS 21、YRBS 51、NSDUH 12),396 条回答编码覆盖全部题目,28 条调查/组件设计记录、9 条仅为候选的跨调查构念连接和 32 条来源冲突/证据缺口已生成;84 条双审队列逐项对应题库;所有 reviewer 字段为空、所有连接均为 not_approved,每题均有来源指针与总体说明。
  • 编码决策:GSHS/YRBS 尝试次数保留五级 zero/one/two_or_three/four_or_five/six_or_more,不在原始字典中静默二分;NSDUH 的“不确定”保留为观测类别,拒答、不知道、数据错误、空白和合法跳题分别保留为缺失类型;任何未知缺失均不得自动转为阴性。
  • 冲突登记:21 条 YRBS 旧映射作为已由直接来源解决的冲突保留审计轨迹;7 个 GSHS 组件的实际施测语言证据缺口和 4 个 NSDUH 尝试题的公用微数据访问缺口保持开放。
  • 设计边界:GSHS 使用规范化权重/PSU/stratum 候选字段;YRBS 2017/2019 设计字段缺口及 2021/2023 导入隔离被显式标记;NSDUH 的 ANALWT2_C1C4 年度适用映射未凭猜测选择。所有设计记录仍为 provisional。
  • 工程记录:一次 NSDUH Parquet 字段名假设错误与一次 YRBS 尝试题响应形态假设错误均无数据改动,并分别记录为已解决的 ERR-20260920-037ERR-20260920-038;后者由 fail-closed 检查在生成文件前中止,修正后重建通过。
  • 质量边界:本行动没有生成 responses_long.parquet,没有解除 YRBS 2021/2023 隔离,没有解决 NSDUH 尝试题的数据访问,也没有将 AI 检查登记为人工审核。Gate 1 保持 in_progress
  • 推送状态:pushed;研究增量提交 f7e0dbb 已推送至 origin/main
  • 下一步:按官方 SAS 程序与布局验证并导入 YRBS 2021/2023;随后从已通过来源和编码检查的可用年度生成 responses_long.parquet,并安排两名实际审核者处理队列。

A-20260920-060:按官方 SAS 布局导入并解除 YRBS 2021/2023 隔离

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:1(有来源证据的题库和回答层)
  • 动作:行动前再次完整读取工作流与进度档案并核对干净 Git 状态;解析 CDC 官方 2021/2023 SAS Input 程序的定长字段位置,以源文件 SHA-256、逐行长度、主结局值域、设计字段完整性和 Parquet 往返读取作为解除隔离条件。
  • 输入:2021/2023 官方 SAS Input/Formats 程序、CDC 下载归档中的 .dat、本地 raw .dat、年度问卷与用户指南。
  • 输出:新增 import_yrbs_2021_2023.pyyrbs_2021_2023_import_audit.jsonyrbs_2021_2023_import_audit.md;生成忽略于 Git 的 yrbs_2021_full.parquetyrbs_2023_full.parquet;重建 YRBS 来源审计、主要结局登记和结构化包。
  • 检查:本地 raw 与 CDC 归档副本逐字节一致;两年每行均为 421 字节。2021 解析 17,232×2392023 解析 20,103×252;两年 weight/stratum/PSU 均全量非空;Q26Q282021)及 Q27Q292023)观测值全部位于官方 12/1–5 值域;Parquet 写入后往返形状一致。YRBS 来源审计现为 17/17 年可用、隔离 0 年、值域失败 0。
  • 状态变更:仅解除“导入布局隔离”;题目仍为 provisional,不等于设计方差方法已批准或人类双审已完成。
  • 工程记录:SAS 标题注释中的 Input 误匹配和数值缺失符号 . 两个解析边界均在接受输出前失败关闭,修正并记录为 ERR-20260920-039
  • 推送状态:pushed;研究增量提交 a6df01d 已推送至 origin/main
  • 下一步:用当前题库/回答字典生成跨调查 responses_long.parquet,保留 eligibility、observed status 与各类缺失;同时准备实际双人审核安排。

A-20260920-061:生成并验证主要结局回答长表

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:1(有来源证据的题库和回答层)
  • 动作:行动前完整读取工作流与进度档案并核对干净 Git 状态;以 item_bank.csvresponse_dictionary.csv 为唯一映射源,流式处理 GSHS,读取 17 个 YRBS 年度完整表,并将 NSDUH 限定为官方 CATAG2=1(12–17 岁)青少年,生成 Gate 1 回答长表。
  • 输出:新增 build_responses_long.pyresponses_long_manifest.jsonresponses_long_audit.md;生成忽略于 Git 的 Dataset/可直接分析数据包_NSDUH_YRBS/harmonization/responses_long.parquet
  • 检查:输出 919,863 行且“受访者×题目”键 919,863 个,重复为 0;覆盖 80 个有本地回答数据的实例。按调查为 GSHS 64,599、YRBS 764,028、NSDUH 91,236 行,均与从 7 个 GSHS 组件、17 个 YRBS 年度表及 NSDUH 青少年人数独立推导的期望行数一致。867,995 行为有效观测;其余保留为 unknown、refused、dont_know、ordinary_missing 或 data_error;必填标识/状态无空值,所有有效观测均有 canonical response。
  • 纳入边界:GSHS 仅含 7 个实际施测组件;YRBS 含 17 个已验证年度;NSDUH 只含 12–17 岁青少年的意念和计划。4 个 YUSUICTRY 实例仍在题库但没有回答行,因为公用微数据未提供该字段,未从其他题推导或伪造。
  • 可复现性:输出 SHA-256 为 0260386444fd2d4a9b0183ef79b171b4fa47ab1d7c1706b05619c14cc8f8a197;生成物由脚本重建,不纳入 Git 大文件历史。
  • 工程记录:首次误用系统 Python 导致 DuckDB 不可用,在读取数据前失败;切换到锁定的 .venv-research 后完成,记录为已解决 ERR-20260920-040
  • 质量边界:结构校验通过不等于条目内容双审或抽样设计批准。所有题目仍为 provisionalGate 1 保持 in_progress
  • 推送状态:pushed;研究提交 89c20f3 与认证失败状态提交 9497d1c 已在仅清除失效站点凭据并由 Git Credential Manager 重新授权后推送至 origin/main
  • 下一步:逐调查核验权重、PSU、stratum 和方差方法的官方来源;随后落实两名实际审核者签署。

A-20260920-062:核验设计来源并修复 YRBS 2017/2019 设计字段

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:1(有来源证据的题库和回答层)
  • 动作:行动前完整读取工作流、进度档案并检查 Git;复核 WHO GSHS 目录/方法页、17 份 CDC YRBS 年度指南及 SAMHSA NSDUH 公用数据指南;按官方定长位置恢复 YRBS 2017/2019 的 weight、stratum、PSU,并同步年度完整表及 19912019 selected 表。
  • 输出:新增 repair_yrbs_2017_2019_design.pyyrbs_2017_2019_design_repair_audit.{json,md}survey_design_source_audit.md;更新 survey_design.csv 构建规则及入口结构审计。
  • 检查:2017 的 14,765 行和 2019 的 13,677 行三项设计字段均恢复为全量非空且权重为正;权重和分别为 14,765.0049 与 13,677.0071,与指南所述缩放到样本量一致。GSHS 七个主要结局组件共 21,533 人的 canonical/raw 权重、PSU、stratum 数值完全一致、全量非空且为正。NSDUH 232,441 行满足 C2=C1/2C3=C1/3C4=C1/4 精确等式,确认 C1 为单年权重、C2–C4 为合并 2–4 年的年均权重。
  • 方法决策:YRBS 使用 WEIGHT/STRATUM/PSU 的复杂抽样程序;NSDUH 使用 VESTR_C/VEREP、Taylor 线性化和单年 ANALWT2_C1,青少年分析必须作为全样本设计内的 domain 而非先物理删成人;GSHS 跨组件前为 PSU/stratum 增加组件命名空间。
  • 剩余例外:YRBS 1997 仍有 1 行同时缺三项设计字段,已显式登记,不能静默进入设计型方差估计。
  • 工程记录:PDF 工具路径不匹配在任何结论写入前失败,改用工作区 PDF runtime 后完成并记录为 ERR-20260920-042
  • 推送状态:pushed;研究增量提交 22d58f0 已推送至 origin/main
  • 下一步:由两名实际审核者独立处理 84 条主结局审核队列;完成签署与分歧裁决后执行 Gate 1 最终验收。

A-20260920-063:完成 Gate 1 契约补漏并生成独立人工审核包

  • 时间:2026-09-20
  • 阶段:1(有来源证据的题库和回答层)
  • 动作:行动前完整读取工作流、进度档案并核对干净 Git 状态;对 Gate 1 逐项做机器契约审计,修复题库 text_hash、回答字典 page_or_section 和设计表 review_status 三个缺失字段;生成两份相互独立的 84 行人工审核表、分歧裁决表、填写说明和 fail-closed 验证器。
  • 输出:新增 build_human_review_packets.pyprimary_outcome_review_reviewer_1.csvprimary_outcome_review_reviewer_2.csvprimary_outcome_review_adjudication.csvhuman_review_instructions.mdvalidate_human_reviews.pyaudit_gate1_acceptance.pygate1_acceptance_audit.json;重建 item_bank.csvresponse_dictionary.csvsurvey_design.csv
  • 防伪边界:验证器要求两位不同姓名的实际人员、统一非空单位、ISO 日期、逐行六项 yes/no 核验、合法决定及完全一致的独立审核声明;任何非批准、修订或两人决定不一致均强制进入人工裁决。AI 不填写姓名、日期、决定或声明。
  • 检查:空白审核表各 84 个唯一题目;空白表验证按预期失败且 Gate 完成标记为 false。Gate 1 接受审计逐项验证七项交付物:84 行题库、396 行回答字典、28 行设计表、构念本体、919,863 行长表、9 条未批准候选连接及 32 条冲突记录均通过;唯一未满足项精确收敛为 two_actual_human_reviewers
  • 状态:Gate 1 仍为 in_progress,不得因机器检查全部通过而绕过真实双人审核。
  • 推送状态:pushed;研究增量提交 8f5cbc9 已推送至 origin/main
  • 下一步:将两份独立审核表交给两名不同实际审核者;返回后运行验证器、处理分歧、更新题库审核状态并执行最终 Gate 1 接受审计。

9. 剩余工作量估算(2026-09-20 基线)

阶段 主要工作 预计人周 主要波动来源
1 题库、回答字典、来源与双重审核 36 官方材料完整性、人工复核速度、跳题/编码冲突
2 可行性、连接图与可识别性审计 24 数据规模、设计变量质量、跨调查桥接强度
3 冻结验证协议与模拟恢复 24 模拟场景数量、参数恢复和 SBC 问题
4 直接协调与传统基线 35 复杂抽样方差、稀有事件、模型诊断
5 语义增益与负对照实验 24 嵌入选择、题目家族有效样本量、消融数量
6 语言条件化层级模型 48 模型可识别性、采样稳定性、GPU/CPU 计算
7 外部验证、消融与主张判定 36 外部数据兼容性、重跑规模、敏感性分析
8 可复现交付、论文与两轮审查 24 审稿返工、图表与复现包完整性
合计 阶段 18 2141 约 105205 个全职工作日

估算按范围而非承诺日期管理。Gate 2 是首个关键止损点:若连接或可识别性不足,应切换为直接协调/分调查分析,而不是继续堆叠复杂模型。Gate 5 是第二个关键止损点:若语义没有稳定增益,后续阶段改为边界性结果与复现交付,可把总量压缩到约 14–26 人周。

10. 下一行动

下一次行动开始前重新读取 Document/research-workflow.md 与本文件。随后:

阶段 1 下一行动:

  1. 由两名实际审核者独立处理 primary_outcome_human_review_queue.csv,核对题文、构念、总体、语言、编码、跳题和缺失规则;
  2. 对两位审核者的分歧执行显式裁决,不得由 AI 冒充审核者或自动填写签名;
  3. 审核通过后重建题库/回答层并执行 Gate 1 逐项验收;未签署前保持全部主要结局为 provisional

11. 本次 AI 辅助预审

A-20260920-065:完成 reviewer 1 未签署 AI 辅助审查草稿

  • 时间:2026-09-20T17:00:00+12:00;阶段1Gate 1保持 in_progress
  • 动作:按用户要求先核对原始问卷/代码本再填 reviewer 1 表;完整读取工作流和进度,保护行动开始前已有的根目录AGENTS.md删除与本进度旧日志删除。未读取 reviewer 2 决定。
  • 输入:84行模板、396行回答字典、来源路径审计、65份本地PDF/DOCX提取文本及WHO Solomon Islands研究页;原始资料未修改。
  • 输出:research/stage1/primary_outcome_review_reviewer_1.csvreviewer_1_ai_review_summary.md;每行明确标识AI草稿,四个人工身份/签署字段为空。
  • 检查:84行、29列、84唯一ID,原11来源列与行序不变;32项建议修订后批准、52项需补来源;单份验证仅170项预期身份/日期/声明缺失,其余字段错误0。抽取断字经代表页渲染解决。
  • 新问题:1995/1997 YRBS总体遗漏Louisiana排除限制;2023 YRBS指南总体表述冲突;2015指南QN29提到不存在的F选项;NSDUH意念题混入编辑Note;GSHS法语引用与英语题干混用、Morocco问卷年份关联待证。数字编码/特殊缺失码未独立核实的条目保持needs_source。
  • 未解决:真实双审与裁决未完成,52项来源缺口未关闭;没有重建题库、回答层或改变Gate状态。
  • 提交/推送状态:本行动文件已检查,准备独立提交;推送结果另行追加记录。既有用户改动不纳入提交。
  • 更正(提交时复核):本条撰写后,两份审核表已由用户补填真实身份、日期与独立性声明,故“四个人工身份/签署字段为空”仅描述撰写当时状态,提交时已不成立;详见 A-20260920-066。
  • 下一步:用户作为实际reviewer 1逐项核对、补证或改判后填写真实身份、日期及声明;另由第二位实际人员独立审查,随后执行裁决与Gate验收。

A-20260920-066:按 Git 协议整理并提交待提交改动

  • 时间:2026-09-20T20:05:28+12:00;阶段 1Gate 1 保持 in_progress
  • 动作:按 CLAUDE.md 强制 Git 协议清点工作树、划定提交边界并分离提交;未修改任何已签署的审核行,未重建题库或回答层,未变更 Gate 状态。
  • 输入:git status --shortgit diffresearch/stage1/validate_human_reviews.pyCLAUDE.mdAGENTS.md
  • 检查结果:
    • 41 个“已修改”文件中 37 个为 LF→CRLF 行尾翻转、内容零变化(git diff --ignore-cr-at-eol 为空,git add --renormalize 未暂存任何内容)。若直接提交将产生约 2.3 万行无法审计的差异,违反协议第 5 条,故先新增 .gitattributes* text=auto eol=lf)归零。
    • 实际内容变更仅 4 个文件:两份审核表、.learnings/ERRORS.mdProgression.md
    • validate_human_reviews.py 返回 status=failed,共 169 条错误,均如实记录未规避:168 条为 review_date 写作 2026/9/20 而校验要求 ISO YYYY-MM-DD1 条为 84 项待裁决。reviewer_1 Jino Gu 与 reviewer_2 Jinghao Guo 通过“不同实际人员”判定;决定值、六项核验字段、语言证据状态与声明文本全部通过。
  • 输出(提交):
    • 85f5dab chore(repo): normalize line endings and extend ignore boundary —— 新增 .gitattributes.gitignore 增补 /tmp/research/experiments/node_modulesWindows junctiongit 记为 symlink**/node_modules/ 无法匹配)。
    • 413b679 review(stage1): record signed primary outcome reviews —— 两份已签署审核表、ERR-20260920-043 及三份审核摘要。
    • 本条记录单独提交。
  • 提交/推送状态:push_pendinggit.jinome.org 在本会话两个执行环境均不可达:设备侧受限 shell 的代理对 CONNECT 返回 HTTP 403,云端容器同样无法建立连接(同环境可达 github.com,故非仓库地址错误)。非凭据问题,未读取、修改或清除任何凭据。三个提交均在本地 main,尚未上传。
  • 未解决问题:
    • .git/index.lock.git/HEAD.lock 为先前崩溃的 git 进程遗留;本会话无文件删除权限,无法清除。为不丢失已完成工作,提交改用 git 底层命令完成(write-tree + commit-tree,随后直接写入 refs/heads/main 并追加 reflog),未改写任何既有历史。另有探测文件 .git/refs/heads/.writetest 为本次可写性测试遗留,属无效 ref 名称,git 忽略,但应一并删除。
    • review_date 格式不合校验要求;84 项裁决未完成;52 项来源缺口未关闭。
    • CLAUDE.md 按用户指示不纳入版本控制,保持未跟踪。
  • 下一步:
    1. 在可访问 git.jinome.org 的环境执行 git push origin main,推送上述三个提交,并回填推送结果;
    2. 删除 .git/index.lock.git/HEAD.lock.git/refs/heads/.writetest 后执行 git reset,使索引与 HEAD 同步;
    3. review_date 改为 ISO YYYY-MM-DD 并完成 84 项裁决,再执行 Gate 1 逐项验收。

A-20260920-067:独立复核审核发现并在生成源头修正来源归属

  • 时间:2026-09-20T20:25:12+12:00;阶段 1Gate 1 保持 in_progress
  • 动作:不以项目既有审计为准,直接对本地原始资料复核两份已签署审核表所列发现;随后按用户授权范围(仅"来源可证的更正")在生成脚本层实施修正。未重建任何生成物,未改动已签署的审核行。
  • 输入:Dataset/NSDUH/2021NSDUHMRBWebSpecs101422.pdf2022NSDUHmrbCAISpecs070722.pdf2023NSDUHmrbWebCAISpecs013123.pdf2024-nsduh-mrb-eng-web-specs.pdfnsduh_complete_variable_dictionary.csv9,870 行)、GSHS 摩洛哥/瓦利斯和富图纳英法问卷与实况表、YRBS 1993/1995/1997/1999 National User Guide、item_bank.csvresponse_dictionary.csvsurvey_design.csv
  • 检查结果:reviewer 2 findings 所列 10 项可核查断言全部复核为真,逐项证据如下。
    • YUSUICTRY 不存在于本地 9,870 行变量字典(YUSUITHKYUSUIPLN 存在);其 9 个编码与 YUSUITHK 完全一致,含标签与 missing_type 映射。
    • 四年 MRB 规范 PDF 均逐字含 YSUI03 [IF CURNTAGE = 12 - 17] During the past 12 months, did you try to kill yourself?,题干、总体与跳题因此闭合;工具仅给出 1–4 与 DK/REF。
    • 20222024 意念题 question_text 长度 472/472/449 字符且以 "Note: Beginning in 2022…" codebook 变更说明开头;2021 为 195 字符。
    • 2021 镜像缺陷成立且更严重:工具另有 YSUINT 屏——"The next few questions are about thoughts of suicide. You can answer 'I'm not sure' or 'I don't want to answer' to any question.";项目将第一句并入 YSUI01 而丢弃第二句,即赋予编码 3、4 合法性的那一句。
    • LANGVER 四年均存在,option_count=2。
    • 6 行 GSHS 引用法语问卷却存英语题干;两个组件目录均另有英语问卷,摩洛哥英语 PDF 第 32/33/34 项逐字命中,瓦利斯和富图纳英语 docx 三题逐字命中。属引用错误而非题干错误。
    • 牙买加实况表:"A census was used…",学校应答率 100%;瓦利斯和富图纳实况表(法语):"Un recensement a été utilisé…",学校应答率 100%,919 人。二者在 survey_design.csv 中的权重/PSU/层与 Taylor 处理与加纳两阶段整群样本逐字节相同,且均标记 source_verified_fields
    • Dataset/ 下检索 "solomon"/"SLB" 无任何命中;所罗门群岛 3 行引用通用数据字典 GSHS_数据字典.xlsx,非国别工具。
    • 1995 与 1997 National User Guide 均载 "in the fifty states and the District of Columbia, excluding a majority of Louisiana"1993/1999 无此限制;题库四年均存"全国覆盖"字样。
    • reviewer 1 独立标注了同一 Louisiana 缺口与引导语/作答提示分离问题,两份审核在关键处相互印证。
  • 输出(提交 0c9645e):修正在生成源头而非生成物,避免下次构建覆盖。
    • audit_yrbs_primary_outcome_sources.pybuild_primary_outcome_package.py:YRBS 总体字符串改为按年条件化,1995/1997 载明 Louisiana 排除。
    • build_primary_outcome_registry.py:新增 NSDUH_ATTEMPT_LOCAL_SPECS,四年各引本地工具 PDFsource_verification_statusofficial_indexed_text_verified_pdf_render_pending 改为 local_instrument_pdf_verified;总体写明 IF CURNTAGE = 12 - 17
    • 新增 NSDUH_ATTEMPT_UNATTESTED_CODESadd_item 接受 unattested 参数:85/94/97/98/99 的 derivation_rule 标注为继承自 YUSUITHK 且无来源,review_status 置为 needs_source;编码未删除。
    • GSHS 问卷选择器改为优先匹配存储题干语言的工具版本;对全部 6 个组件模拟验证,仅摩洛哥与瓦利斯和富图纳改变,其余四个不变。
  • 检查(构建):三份脚本均通过 py_compile;选择器以真实文档清单模拟验证;未执行任何构建脚本。
  • 提交/推送状态:push_pendinggit.jinome.org 本会话两个执行环境仍返回 HTTP 403 CONNECT,非凭据问题。本地 main 现领先 origin/main 四个提交:85f5dab413b67930347180c9645e
  • 未解决问题:
    • 生成物(item_bank.csvresponse_dictionary.csvsurvey_design.csvprimary_outcome_registry.json 等)相对已修正源头已过期;重建会重新生成题库与人工审核队列,属 Gate 相关动作,本轮未授权执行。
    • 本轮授权范围外、已核实但未修正:牙买加与瓦利斯和富图纳的普查设计处理与 source_verified_fields 状态;所罗门群岛无国别工具仍按已验证来源处理;NSDUH 20222024 question_text 内的 codebook 变更说明与 2021 丢句;LANGVER 未用于语言状态。
    • review_date 仍为 2026/9/20,校验器要求 ISO;84 项裁决未完成。
  • 下一步:
    1. 决定是否执行 Stage 1 重建以使生成物与已修正源头一致(需依次运行 YRBS 审计、GSHS 审计、registry、package 四个脚本,并逐项 diff 验证 84 个 item_version_id 不变);
    2. 在可访问 git.jinome.org 的环境推送四个提交;
    3. 处理上列未授权修正项、review_date 格式与 84 项裁决,再执行 Gate 1 验收。

A-20260920-068Stage 1 重建尝试——因环境不符而中止

  • 时间:2026-09-20T20:29:49+12:00;阶段 1Gate 1 保持 in_progress
  • 动作:按授权准备执行 Stage 1 重建(先备份生成物、再依次运行四个脚本、逐项 diff 验证)。备份已完成,未运行任何构建脚本,工作树生成物保持不变。
  • 检查结果(中止理由):本会话设备侧 Linux shell 的运行环境与项目记录的可复现环境不一致,重建会引入与环境绑定的无声漂移。
    • 项目锁定:python-requirements.lock.txtpandas==3.0.6numpy==2.5.3pyarrow==25.0.1smoke-test-result.json 记录解释器为 3.12.14 ... [MSC v.1944 64 bit (AMD64)]Windows)。
    • 本会话可用:Python 3.10.12、pandas 2.3.3、无 pyarrowpip install pyarrow 被代理拒绝(Tunnel connection failed: 403 Forbidden),与 git push 同一网络限制。
    • .venv-research 仅含 Scripts/python.exe,为 Windows 虚拟环境,无法在该 Linux shell 调用。
    • 四个脚本中 audit_yrbs_primary_outcome_sources.pybuild_primary_outcome_registry.py 直接 import pyarrow.parquet,缺之无法运行;仅运行其余两个只能落实四项更正中的两项,且会使生成物处于半新半旧的不一致状态。
    • pandas 2.x 与 3.x 在字符串 dtype 与 CSV 写出行为上存在差异,以 2.3.3 重写题库与回答字典将使生成物与已记录环境不可复现。
  • 输出:无文件变更;备份留存于会话临时目录(不在仓库内),生成物未动。
  • 提交/推送状态:push_pending,同 A-20260920-067;本地 main 领先 origin/main 五个提交。
  • 未解决问题:生成物仍相对已修正源头过期;须在锁定环境中重建后方能一致。
  • 下一步:在 Windows 锁定环境(E:\Model)依次执行,四个脚本均无需参数:
    1. .venv-research\Scripts\python.exe research\stage1\audit_yrbs_primary_outcome_sources.py
    2. .venv-research\Scripts\python.exe research\stage1\audit_gshs_primary_outcome_components.py
    3. .venv-research\Scripts\python.exe research\stage1\build_primary_outcome_registry.py
    4. .venv-research\Scripts\python.exe research\stage1\build_primary_outcome_package.py 随后核对 git diff:预期仅 YRBS 1995/1997 总体字符串、NSDUH 四行 attempt 的 source_file/验证状态、attempt 五个编码的 derivation_rule/review_status、摩洛哥与瓦利斯和富图纳的问卷引用发生变化,且 84 个 item_version_id 不变;如出现其他变化应停止并复核。

A-20260920-069:按 Git 协议执行待推送提交——认证失败,未推送

  • 时间:2026-09-20T20:33:14+12:00;阶段 1Gate 1 保持 in_progress
  • 动作:按 CLAUDE.md 强制 Git 协议,在 Windows 锁定环境(E:\Model)执行 A-20260920-066/067/068 记录的待推送动作。行动前完整读取 Document/research-workflow.md 与本档案并核对 git status --short。未运行任何构建脚本,未改动生成物、题库、回答层或任何已签署审核行,未变更 Gate 状态。
  • 输入:Document/research-workflow.mdProgression.mdgit status --shortgit config、Windows 凭据管理器条目清单。
  • 检查结果:
    • 网络可达性与前次记录不同。 git ls-remote --heads origin 成功返回 27246a3d8a011cd35dd974527e13957a4f9b34bc refs/heads/main,与本地 refs/remotes/origin/main 一致。A-20260920-066/067 记录的 HTTP 403 CONNECT 属受限 shell 与云端容器的网络限制,不适用于本环境;本环境的阻塞点是认证而非连通性。
    • 推送因认证失败。 git push origin main 返回 remote: Failed to authenticate userfatal: Authentication failed for 'https://git.jinome.org/...'
    • 根因定位(未读取、未修改、未清除任何凭据值)。 凭据助手为 GCMcredential.helper=managercredential.https://git.jinome.org.provider=generic)。cmdkey /list 显示该站点仅存 git:https://refresh_token.git.jinome.org 一条刷新令牌条目,访问令牌条目 git:https://git.jinome.org 不存在;GCM 以已失效的刷新令牌静默换取访问令牌失败。本会话环境设有 GCM_INTERACTIVE=neverGIT_TERMINAL_PROMPT=0GIT_ASKPASS 为空,交互式重新授权在本会话内被禁止,因此 GCM 未弹出登录流程即失败。
    • 重新授权属用户操作,未由 AI 执行。 未清除刷新令牌条目,未发起 OAuth 登录,未输入任何凭据。
    • 清理前次崩溃遗留。 确认无 git/git-credential-manager 进程后,删除 A-20260920-066 登记的遗留 .git/index.lock0 字节)与无效 ref 名 .git/refs/heads/.writetest.git/HEAD.lock 已不存在),随后 git reset 使索引与 HEAD 同步。工作树随即仅余未跟踪的 CLAUDE.md,无内容丢失。
  • 输出:无研究文件变更;本条记录单独提交。
  • 提交/推送状态:pushed(首次尝试 push_failed,提交本条记录后重试成功)。本条记录撰写时首次 git push origin main 因上述认证失败中止;本条记录以 96e03e3 提交后再次执行同一命令即成功,推测 GCM 在两次调用之间以刷新令牌静默换得有效访问令牌,未由 AI 执行任何交互授权或凭据操作。
  • 推送结果(提交后核验):27246a3..96e03e3 main -> main。七个提交按顺序为 85f5dab413b67930347180c9645e7cf3c93e4a3c6596e03e3,均已上传。git fetchHEADorigin/main 同为 96e03e3cce59ce0139475cf51156e193b27f59fb,本地领先 0 个提交。A-20260920-066/067/068 登记的 push_pending 至此全部清偿。
  • 未解决问题:
    • 生成物仍相对 A-20260920-067 已修正的源头过期;Stage 1 重建(A-20260920-068 下一步所列四个脚本)尚未执行。
    • review_date 仍为 2026/9/20,校验器要求 ISO YYYY-MM-DD;84 项裁决未完成;52 项来源缺口未关闭。
    • CLAUDE.md 按用户指示保持未跟踪。
  • 下一步:
    1. 在锁定环境执行 A-20260920-068 所列四个重建脚本并逐项 diff 验证 84 个 item_version_id 不变;
    2. 修正 review_date 格式、完成 84 项裁决,再执行 Gate 1 逐项验收。

A-20260920-070:在锁定环境执行 Stage 1 重建并逐项验证差异

  • 时间:2026-09-20T21:48:23+12:00;阶段 1Gate 1 保持 in_progress
  • 动作:执行 A-20260920-067 授权、A-20260920-068 因环境不符中止的 Stage 1 重建。行动前完整读取工作流与本档案并核对 git status --short(仅未跟踪 CLAUDE.md)。在 Windows 锁定环境 E:\Model.venv-research\Scripts\python.exe 依次运行四个脚本,使生成物与 A-20260920-067 已修正的源头一致。未改动任何已签署审核行,未变更 Gate 状态。
  • 环境核验(A-20260920-068 中止理由已消除):实测解释器 3.12.14 (main, Aug 14 2026, 15:40:22) [MSC v.1944 64 bit (AMD64)],与 smoke-test-result.json 记录一致;pandas 3.0.6numpy 2.5.3pyarrow 25.0.1duckdb 1.5.5python-requirements.lock.txt 逐项一致。
  • 事前保护:将 research/stage1/ 全部 46 个文件备份至会话临时目录(不在仓库内),并记录重建前 SHA-256。运行前静态核对四个脚本的全部写出目标,确认 12 个输出文件中不含两份已签署审核表。
  • 输入:audit_yrbs_primary_outcome_sources.pyaudit_gshs_primary_outcome_components.pybuild_primary_outcome_registry.pybuild_primary_outcome_package.py(均无参数)。
  • 输出(7 个文件发生变更):item_bank.csvresponse_dictionary.csvsurvey_design.csvsource_conflicts.csvprimary_outcome_human_review_queue.csvprimary_outcome_registry.jsonyrbs_primary_outcome_source_audit.json
  • 运行摘要:YRBS 审计 17 年/51 题,隔离 0 年、值域失败 0;GSHS 审计 191 组件、7 个含主要结局、行数不匹配 0、观测 673,499 行;registry 候选 66/派生 11/排除 40package 输出 84 题、396 编码、28 设计行、9 候选连接、32 冲突、84 审核队列。各项计数与 A-20260920-063 记录完全一致。
  • 逐项差异验证(结果:仅出现四项授权更正,无额外变化):
    • 84 个 item_version_id 完全不变(排序后与 HEAD 版本 diff 为空),题库列结构 26 列不变;回答字典 396 行、(item_version_id,raw_code) 键集合完全一致。
    • YRBS 1995/1997population 由“United States”改为载明 excluding a majority of Louisiana——题库 6 行、survey_design.csv 2 行、YRBS 审计 JSON 6 处。
    • NSDUH 四年 YUSUICTRYsource_file 由空值改为各年本地 MRB 规范 PDF(题库 4 行、回答字典 36 行);source_verification_statusofficial_indexed_text_verified_pdf_render_pending 改为 local_instrument_pdf_verifiedpopulation 载明 IF CURNTAGE = 12 - 17notes 同步。
    • NSDUH 尝试题编码 85/94/97/98/995 编码 × 4 年 = 20 行):derivation_rule 标注为继承自 YUSUITHK 且无本地字典或 schema 佐证,review_statusprovisional 改为 needs_source;编码未删除。
    • GSHS 摩洛哥与瓦利斯和富图纳:问卷引用由 FRENCH/French 版改为存储题干语言对应的 ENGLISH/English 版——题库 6 行、回答字典 24 行、source_conflicts.csv 2 行;其余四个 GSHS 组件引用不变。
    • registry 另新增 unattested_answer_options 字段,在 4 行中列出 85/94/97/98/99。
  • 防伪与完整性检查:两份已签署审核表重建前后 SHA-256 完全一致reviewer_1 cbd79847…、reviewer_2 5fe95245…),裁决表亦未被写入;审核队列仍为 84 行/84 个唯一 ID,其 16 行变更与题库同源。中文路径字节未损坏。
  • Gate 1 接受审计(对重建后生成物重跑 audit_gate1_acceptance.py):item_bank 84 行、response_dictionary 396 行、survey_design 28 行、construct_ontologyresponses_long 919,863 行/80 个有回答题目、item_links 9 行、source_conflicts 32 行(11 项未关闭)七项全部 passed;唯一 unmet_requirements 仍精确收敛为 two_actual_human_reviewersgate1_acceptance_audit.json 内容与重建前逐字节一致,说明重建未改变 Gate 判定。退出码 1 为未满足项的 fail-closed 信号,非运行错误。
  • 未重建项:responses_long.parquet 未重新生成,因本次变更仅涉及来源、总体、备注与审核状态等元数据字段,raw_code → canonical_code 映射未变;重跑的 Gate 审计以现有 919,863 行长表通过,可证其仍然一致。
  • 质量边界:生成物与源头一致不等于内容双审完成或抽样设计获批。全部题目仍为 provisionalGate 1 保持 in_progress
  • 提交/推送状态:pushed。本次重建的 7 个生成物与本条记录合并为单个提交 4c7f42b;首次 git push 复现 A-20260920-069 的认证失败,立即重试成功。git fetchHEADorigin/maingit ls-remote 三者同为 4c7f42bfe4a6e477e4ae50bf654063642a8e12df,本地领先 0 个提交。
  • 工程记录:git.jinome.org 的 GCM 凭据在本会话表现为首次推送失败、重试即成功(已两次复现)。属凭据刷新时序问题,非仓库地址或网络问题;未读取、修改或清除任何凭据。
  • 未解决问题:
    • review_date 仍为 2026/9/20,验证器要求 ISO YYYY-MM-DD,据此 168 行报错。该字段属人工签署内容,按 A-20260920-063 的防伪边界(AI 不填写姓名、日期、决定或声明),未由 AI 改写,须由签署人本人确认后修正。
    • 84 项裁决未完成;52 项来源缺口未关闭;source_conflicts.csv 11 项未关闭。
    • A-20260920-067 列出的授权范围外事项仍未处理:牙买加与瓦利斯和富图纳的普查设计处理、所罗门群岛无国别工具、NSDUH 20222024 question_text 内的 codebook 说明与 2021 丢句、LANGVER 未用于语言状态。
  • 下一步:
    1. 由签署人确认并将 review_date 修正为 ISO YYYY-MM-DD,随后重跑 validate_human_reviews.py
    2. 完成 84 项裁决并据此更新题库审核状态;
    3. 重跑 Gate 1 逐项验收,全部满足后方可将阶段 1 标为 passed

A-20260920-071:实施两名审核者一致要求的更正并降级未获来源支持的状态

  • 时间:2026-09-20T22:02:53+12:00;阶段 1Gate 1 保持 in_progress
  • 动作:行动前完整读取工作流与本档案并核对干净 Git 状态。读取两份已签署审核表,仅实施两名审核者独立且一致要求的更正,并对经复核确认没有来源支持的状态做降级。全部修改在生成脚本层,未改动任何已签署审核行,未替任何人裁决。
  • 输入:primary_outcome_review_reviewer_1.csvprimary_outcome_review_reviewer_2.csvitem_bank.csvresponse_dictionary.csvsurvey_design.csvnsduh_complete_variable_dictionary.csv、A-20260920-067 已核实的 WHO 实况表证据。
  • 审核一致性统计(本次新发现,须记录): 84 行中仅 21 行两人决定一致14 approve_with_correction + 7 needs_source),63 行不一致。不一致分布:needs_source/approve 27 行、needs_source/approve_with_correction 18 行、approve_with_correction/approve 18 行;按调查为 YRBS 45 行、GSHS 18 行。reviewer 1 无一行给出无条件 approvereviewer 2 给出 45 行。75% 的不一致率本身即为需要裁决时重点关注的证据。
  • 实施的更正(均为两人一致要求,且经本次独立复核):
    1. NSDUH 2022/2023/2024 YUSUITHK 删除代码本编辑说明。question_text 以 "Note: Beginning in 2022, questions ... were moved from the youth mental health service utilization section to the youth experiences section." 开头,该句是 DAS 字典的编辑注记,非受访者所见。reviewer 1 要求“删除开头的模块迁移 Note”,reviewer 2 标为 CORRECTION (wording)。删除后被删文本逐字保留notes 中,未丢失。
    2. NSDUH 2021 YUSUITHK 修正题干末尾多余空格kill yourself ?kill yourself?),reviewer 2 明确指出该空格属 DAS 渲染artifact。
    3. Solomon Islands 三题 review_statusprovisional 降为 needs_source 两名审核者均独立返回 needs_source,理由为 Dataset/ 下不存在该国问卷、代码本或实况表(递归检索 "solomon"/"SLB" 无命中),其唯一引用为通用 GSHS_数据字典.xlsx。降级逻辑写为“无国别问卷则 needs_source”,不针对国别硬编码。
  • 实施的状态降级(依据 A-20260920-067 已核实证据,非本次新主张): 4. 牙买加与瓦利斯和富图纳 design_statussource_verified_fields 降为 census_variance_treatment_unresolved 两地实况表载明使用普查("A census was used…" / "Un recensement a été utilisé…",学校应答率 100%),但其权重/PSU/层与 Taylor 线性化计划此前与两阶段整群样本组件逐字节相同。权重/PSU/层字段予以保留,仅将方差处理标为未决,并新增 2 条 design_treatment_not_established_for_census 冲突记录。variance_method 本身未改动——那是需要独立证据的阶段 4 统计决定,不在本次范围。
  • 未实施及理由(明确不做,留待人工):
    • 2021 缺失的作答提示句未补写。 20222024 含 "You can answer 'I'm not sure' or 'I don't want to answer' to any question."2021 无此句,而 2021 同样提供编码 3I'm not sure)与 4I don't want to answer)。两名审核者均指出应补回。但向 question_text 写入题目文本属改写官方原文,违反工作流 §5.2“不补写成官方原文”,已作为待人工处理项登记,未由 AI 执行。
    • 84 项裁决未执行。 按 A-20260920-063 防伪边界,裁决属人工决定。
    • LANGVER 仍未用于语言状态;NSDUH 2021 与 20222024 的题干结构差异仍存。
  • 检查:两个脚本 py_compile 通过后运行 registry 与 package。计数 84 题 / 396 编码 / 28 设计行 / 9 连接 / 34 冲突(新增 2 / 84 队列。逐项 diff 验证:84 个 item_version_id 不变、列结构不变、回答字典 396 行完全未变;题库仅 question_text 4 行、text_hash 4 行、notes 3 行、review_status 3 行变化。text_hash 由 Gate 审计独立重算校验通过,确认哈希与新文本一致(2022/2023/2024 修正后题干相同,哈希合并为同一值,符合预期)。两份已签署审核表 SHA-256 保持 cbd79847…5fe95245… 不变。
  • Gate 1 接受审计:七项机器交付物全部 passed(冲突 34 行、未关闭 13 项),唯一 unmet_requirements 仍为 two_actual_human_reviewers。Gate 1 保持 in_progress
  • 提交/推送状态:pushed。提交 21c7e21(9 个脚本/生成物 + 本条记录),已推送至 origin/main;本次首次推送即成功。
  • 未解决问题:63 行审核不一致待裁决;review_date 仍为 2026/9/20(非 ISO);2021 提示句缺口;13 项未关闭冲突;LANGVER 未使用。
  • 下一步:
    1. 由两名审核者裁决 63 行不一致决定,并确认 review_date 的 ISO 格式修正;
    2. 裁决完成后重跑 validate_human_reviews.py 与 Gate 1 验收;
    3. Gate 1 通过后方可进入阶段 2(可行性、可识别性和连接审计)。

A-20260921-072:分析 63 项不一致审核的结构(只读诊断)

  • 时间:2026-09-21T00:02:42+12:00;阶段 1Gate 1 保持 in_progress
  • 动作:应用户要求列出待裁决的 63 行,并分析其结构。纯只读诊断,未修改任何文件、未替任何人裁决。服务于 A-20260920-071 已登记的裁决待办。
  • 输入:两份已签署审核表、primary_outcome_review_adjudication.csv、YRBS source_archive 目录、2023XXH-Formats-Program.sas
  • 核心发现:63 项不是 63 个独立判断,而是 3 个成组的政策问题。
    • 组 127 行,YRBS 2005/2007/2009/2011/2013/2015/2017/2019/2023 × 3 题) R1 needs_source / R2 approve。分歧轴唯一且一致:R1 在 27/27 行声明本年度“数字值标签/格式映射”未独立核实,仅接受问卷的 A/B 选项顺序,拒绝沿用项目字典;R2 认为年度 Data Users Guide 代码本(1=Yes, 2=No)已足够。裁决问题:年度指南代码本是否构成数值编码映射的充分来源,还是必须取得该年度官方格式程序/原始值标签。
    • 组 2(18 行,6 个有来源的 GSHS 组件 × 3 题) R1 needs_source / R2 approve_with_correction。分歧轴不同:R1 要求组件采样年龄/年级与纳入条件、实际施测语言、字母选项到发布数值编码的直接映射;R2 以国别代码本加实测分布双重核验编码(如加纳 1=901、2=2744、缺失=151,且组件行数 3,796 与实况表参与人数一致),其 correction 指向 population 占位符——实况表就在所引问卷同一目录内,认为属不必要的证据缺口。裁决问题:实况表能否关闭 population 缺口;代码本加实测分布是否满足“直接映射来源”的要求。
    • 组 318 行,YRBS 1991/1993/1999/2001/2003/2021 × 3 题) R1 approve_with_correction / R2 approve。此组 R1 的数值标签检查已完成:15 行经年度代码本核对,3 行(2021 Q26–Q28)经官方 2021XXH-Formats-Program.sas 的 H26S/H27S/H28S 格式核对。残余分歧仅为 language provisional_accepted(仅接受英语来源文本,不证明实际施测语言)是否构成需更正的缺陷。裁决问题:语言状态的既有记法是否可接受。
  • 可用证据关闭的缺口(非裁决问题): 组 1 与组 3 的差别只在 R1 是否完成同一项检查。本地 Dataset/YRBS_National_1991_2023/source_archive/ 仅存 2021 与 2023 两个年度的 CDC 格式程序。其中 2023 的 2023XXH-Formats-Program.sas 本地即有,且已逐项确认含 $H27S/$H28S/$H29S"1"="Yes""2"="No"" "="Missing"other="** Data Error **"),与 R1 在 2021 所用来源同类同位置。故组 1 的 YRBS 2023 Q27/Q28/Q29 三行属可由本地官方来源关闭的证据缺口,而非需要判断的分歧;其余 24 行(2005–2019)本地无格式程序,关闭需另取 CDC 官方文件。
  • 附带记录的审核者观察(尚未处理):R2 指出加纳组件的意念与计划缺失数同为 151,而其余组件两题互不相同,建议对原始 WHO 文件做一次确认;并提示派生二分变量 raw_mh_b_* 不得被静默替换为施测题目。
  • 裁决表状态: primary_outcome_review_adjudication.csv 84 行全部为空,包括本可由机器填充的 reviewer_1_decisionreviewer_2_decisionconflict_reason 三列。这三列属两份已签署审核的派生事实,不属人工签署字段;其余 adjudicator_nameadjudication_datefinal_*adjudication_notesadjudicator_attestation 属人工字段,必须留空。
  • 检查:未写入任何文件;两份已签署审核表未读写改动,SHA-256 未变。Gate 1 状态未变。
  • 未解决问题:63 行裁决未执行;review_date 非 ISO;2021 提示句缺口;13 项未关闭冲突。
  • 下一步:
    1. 建议先以本地 2023XXH-Formats-Program.sas 关闭 YRBS 2023 三行的数值标签缺口,将组 1 的裁决量由 27 降至 24;
    2. 经用户授权后填充裁决表的三列派生字段(人工签署字段保持空白);
    3. 由裁决人按三个政策问题成组裁决,而非逐行判断。

A-20260921-073:填充裁决表的派生列

  • 时间:2026-09-21T00:15:15+12:00;阶段 1Gate 1 保持 in_progress
  • 动作:行动前完整读取工作流与本档案并核对干净 Git 状态。按 A-20260921-072 的下一步,填充 primary_outcome_review_adjudication.csv 中可由机器推导的三列,使裁决人可在单一表内工作。未替任何人裁决,未填写任何人工签署字段。
  • 重大安全发现(本次阻止的破坏性操作): 按项目惯例本应“在生成源头修正”,即运行 build_human_review_packets.py。经运行前静态检查,该脚本第 39–40 行会以空白模板覆盖 primary_outcome_review_reviewer_1.csvprimary_outcome_review_reviewer_2.csv——即两份已签署审核表。该脚本未被运行。 任何后续会话若因“重建生成物”的惯性运行它,将不可逆地销毁两名审核者的全部 84 行签署工作。已改为新增专用脚本,且该脚本不写入审核表。
  • 输入:两份已签署审核表、primary_outcome_review_adjudication.csvvalidate_human_reviews.py 第 74 行的裁决判定规则。
  • 输出:新增 populate_adjudication_table.py;更新 primary_outcome_review_adjudication.csv;生成 human_review_validation.json
  • 填充范围与边界:
    • 已填(派生事实,非签署内容): reviewer_1_decisionreviewer_2_decisionconflict_reason,共 84 行 × 3 = 252 个单元格。
    • 保持空白(人工签署字段): adjudicator_nameadjudication_datefinal_decisionfinal_question_textfinal_constructfinal_populationfinal_languagefinal_response_or_missing_ruleadjudication_notesadjudicator_attestation,经检查 10 个字段非空计数均为 0
    • 脚本设计为只写派生列、保留任何已存在的人工值,并在结束前重算两份签署表的 SHA-256,一旦变化即以 FATAL 退出。
  • conflict_reasonvalidate_human_reviews.py 的实际规则生成(决定不一致 reviewer_1 非 plain approve),只陈述机械理由与双方决定,不写入任何解释或倾向:63 行为“决定不一致”,21 行为“两人一致但非 plain approve”。84 行全部需要裁决,与该规则一致(reviewer 1 无一行 plain approve)。
  • 检查:py_compile 通过;运行输出 rows=84derived_cells_written=252items_requiring_adjudication=84existing_adjudicator_values_preserved=0signed_packets_unchanged=true。两份签署表 SHA-256 保持 cbd79847…5fe95245…。裁决表仍为 84 行,item_version_id 集合三文件一致。
  • 验证器状态(带 --adjudication 运行):status=failed336 条错误——168 条 review_date 非 ISO84 条 final_decision 缺失,84 条裁决人身份/声明缺失。后两类共 168 条全部为人工必填项,非机器可补。与既往记录的 169 条不构成回归:此前一次未传 --adjudication,验证器以单条聚合错误短路;本次进入逐行检查阶段。本次填充不减少错误数,其作用是使裁决表可用。
  • 未解决问题:84 项裁决待人工执行;review_date 非 ISO(属签署字段,未由 AI 修改);build_human_review_packets.py 的覆盖风险尚未加防护;13 项未关闭冲突;2021 提示句缺口。
  • 下一步:
    1. 建议为 build_human_review_packets.py 增加 fail-closed 防护,禁止覆盖已签署的审核表(本次未授权,未实施);
    2. 由裁决人按 A-20260921-072 的三个政策问题成组填写 final_decision、身份、日期与声明;
    3. 完成后重跑验证器与 Gate 1 验收。